Prognostic value of FGFR2 in ER-positive breast cancer is influenced by the profile of stromal gene expression: an in silico analysis based on TCGA data
0
Citation
0
Reference
10
Related Paper
Abstract:
Fibroblast growth factor receptor 2 (FGFR2) activation is associated with endocrine therapy resistance in luminal breast cancer (BC) in vitro, but clinical evidence remains inconsistent. Given the role of FGFRs in mediating tumour microenvironment (TME) interactions, the prognostic value of FGFR2 may depend on the stromal component. This study aimed to validate the association between FGFR-related profile of the stroma and FGFR2 prognostic value in oestrogen receptor-positive invasive ductal carcinoma (IDC). An in silico gene expression analysis identified 12 stromal factors (FAP, CXCL12, PDGFRA, COL1A1, HSPG2, CCL2, MMP14, S100A4, MMP9, PDGFA, MCAM, IL6) forming an "FGFR-related profile of the stroma". A cohort of 257 ER+ IDC patients from The Cancer Genome Atlas (TCGA) was analysed. Tumours were clustered using k-means based on stromal gene expression, and Cox proportional hazards regression models were used to assess the association between FGFR2 and overall survival (OS). Two clusters of ER+ IDC tumours were identified based on the stromal gene expression profile. While both clusters had similar tumour stages and hormone receptor statuses, multivariable analysis adjusted for clinical factors revealed a significant association between FGFR2 expression and cluster assignment. In Cluster I (high expression of stromal genes), high FGFR2 was linked to poor prognosis, whereas in Cluster II (low expression), high FGFR2 indicated favourable prognosis. FGFR1, FGFR3, and FGFR4 showed no significant prognostic value. Stromal profiles modulate the prognostic significance of FGFR2 in luminal breast carcinoma, highlighting the importance of TME profiling for biomarker assessment and explaining inconsistencies in FGFR2 studies.Limited evidence suggests that inherited predisposing risk variants might affect the disease outcome. In this study, we analyzed the effect of genome-wide association studies—identified breast cancer-risk single nucleotide polymorphisms on survival of early-stage breast cancer patients in a Chinese population. This retrospective study investigated the relationship between 21 GWAS-identified breast cancer-risk single nucleotide polymorphisms and the outcome of 1177 early stage breast cancer patients with a long median follow-up time of 174 months. Cox proportional hazards regression models were used to estimate the hazard ratios and their 95% confidence intervals. Primary endpoints were breast cancer special survival and overall survival while secondary endpoints were invasive disease free survival and distant disease free survival. Multivariate survival analysis showed only the rs2046210 GA genotype significantly decreased the risk of recurrence and death for early stage breast cancer. After grouping breast cancer subtypes, significantly reduced survival was associated with the variant alleles of rs9485372 for luminal A and rs4415084 for triple negative breast cancer. Importantly, all three single-nucleotide polymorphisms, rs889312, rs4951011 and rs9485372 had remarkable effects on survival of luminal B EBC, either individually or synergistically. Furthermore, statistically significant multiplicative interactions were found between rs4415084 and age at diagnosis and between rs3803662 and tumor grade. Our results demonstrate that breast cancer risk susceptibility loci identified by GWAS may influence the outcome of early stage breast cancer patients’ depending on intrinsic tumor subtypes in Chinese women.
Cite
Citations (2)
Στα πλαίσια της παρούσας διατριβής μελετήθηκαν οι επιστημονικοί τομείς της Βιοπληροφορικής, της Υπολογιστικής Συστημικής Βιολογίας και της Μηχανικής Μάθησης με στόχο την αξιοποίησή τους σε προβλήματα του έντονα αναπτυσσόμενου και εξελισσόμενου χώρου της In Silico Ογκολογίας. Ο χώρος αυτός θέτει ως βασικό στόχο την ανάπτυξη υπολογιστικών μοντέλων ικανών να προσομοιώσουν την ανάπτυξη αλλά και την απόκριση στη θεραπεία καρκινικών όγκων. Κομβική συμμετοχή σε αυτές τις προσπάθειες έχει η Ομάδα για την In Silico Ογκολογία και την In Silico Ιατρική του Ερευνητικού Πανεπιστημιακού Ινστιτούτου Συστημάτων Επικοινωνιών και Υπολογιστών του Εθνικού Μετσόβιου Πολυτεχνείου (ΕΠΙΣΕΥ-ΕΜΠ) μέσω των πολυετών προσπαθειών ανάπτυξης μιας οικογένειας μοντέλων, των Ογκοπροσομοιωτών. Οι συγκεκριμένοι Ογκοπροσομοιωτές εστιάζουν κυρίως στην προσομοίωση των φαινομένων στο κυτταρικό και σε ανώτερα αυτού επίπεδα. Στην παρούσα διατριβή αναζητήθηκαν τα σημεία εκείνα όπου μέθοδοι της Βιοπληροφορικής, της Υπολογιστικής Συστημικής Βιολογίας και της Μηχανικής μάθησης μπορούν να συμβάλλουν στην εξειδίκευση των Ογκοπροσομοιωτών και στον μοριακό χώρο αλλά και στην αξιοποίησή τους για προβλεπτικές διαδικασίες σχετικά με την εξατομικευμένη απόκριση καρκινικών όγκων σε θεραπεία Προκειμένου να παρουσιαστούν οι δυνατότητες αυτές, επιλέχθηκαν συγκεκριμένες εφαρμογές και δόθηκε εστίαση στην περίπτωση της Οξείας Λεμφοβλαστικής Λευχαιμίας μέσω της χρήσης και μελέτης της επεκτασιμότητας του Ογκοπροσομοιωτή Λευχαιμίας. Συγκεκριμένα, αναπτύχθηκαν και εκπαιδεύτηκαν μέσω μεθόδων βελτιστοποίησης ένα μοντέλο Συστημικής Βιολογίας για την προσομοίωση της βιοχημικής ρύθμισης του κυτταρικού κύκλου στην Οξεία Λεμφοβλαστικής Λευχαιμίας και ένα μοντέλο προσομοίωσης της Φαρμακοκινητικής για το φάρμακο Πρεδνιζόνη, ικανά να τροφοδοτήσουν με πληροφορία τον Ογκοπροσομοιωτή. Επίσης μέσω μεθόδων Βιοπληροφορικής και Μηχανικής Μάθησης αναπτύχθηκε το Υβριδικό Σύστημα Ογκοπροσομοιωτή Λευχαιμίας, δηλαδή διαδικασίες για την αυτοματοποιημένη προσαρμογή του Ογκοπροσομοιωτή σε δεδομένα ασθενών αλλά και την πρόβλεψη της απόκρισης νέων ασθενών σε θεραπεία μέσω εκπαίδευσης επιμέρους μοντέλων μηχανικής μάθησης. Συγκεκριμένα, επιχειρήθηκε η πρόβλεψη της απόκρισης στην Πρεδνιζόνη, ασθενών με Οξεία Λεμφοβλαστική Λευχαιμίας, παιδικής ηλικίας, η οποία αποτελεί βασική πληροφορία για την διαστρωμάτωση των ασθενών σε ομάδες κινδύνου. Η πρωτότυπη προσπάθεια και η επαρκής επιτυχία πρόβλεψης μέσω του Υβριδικού Ογκοπροσομοιωτή αποτελούν σημαντικό βήμα για την περαιτέρω ανάπτυξη του χώρου της In Silico Ογκολογίας.
Cite
Citations (0)
The application of structure-based in silico methods to drug discovery is still considered a major challenge, especially when the x-ray structure of the target protein is unknown. Such is the case with human G protein-coupled receptors (GPCRs), one of the most important families of drug targets, where in the absence of x-ray structures, one has to rely on in silico 3D models. We report repeated success in using ab initio in silico GPCR models, generated by the predict method, for blind in silico screening when applied to a set of five different GPCR drug targets. More than 100,000 compounds were typically screened in silico for each target, leading to a selection of <100 “virtual hit” compounds to be tested in the lab. In vitro binding assays of the selected compounds confirm high hit rates, of 12–21% (full dose–response curves, K i < 5 μM). In most cases, the best hit was a novel compound (New Chemical Entity) in the 1- to 100-nM range, with very promising pharmacological properties, as measured by a variety of in vitro and in vivo assays. These assays validated the quality of the hits as lead compounds for drug discovery. The results demonstrate the usefulness and robustness of ab initio in silico 3D models and of in silico screening for GPCR drug discovery.
Cite
Citations (146)
Вступ. Об’єктом представленого дослідження є атристамін (2-метил-3-(феніламінометил)-1Н-хінолін-4-он), який вивчають як перспективний антидепресант із церебропротекторними, ноотропними, аналгетичними, антигіпоксичними та актопротекторними властивостями. Обов’язковою умовою подальшого впровадження його як кандидата в ліки є дослідження фармакокінетичних характеристик молекули. Це неможливо здійснити без цілісного розуміння процесів біотрансформації, яким піддається досліджувана сполука в організмі людини.
Мета дослідження – провести in silico дослідження можливих шляхів метаболізму перспективного антидепресанта атристаміну за допомогою онлайн-ресурсів, що перебувають у вільному доступі.
Методи дослідження. З метою in silico дослідження можливих напрямків біотрансформації атристаміну в організмі людини використовували он-лайн такі веб-сервіси: “Xenosite P450 Metabolism 1.0”; “Xenosite UGT 2.0”; “Way2Drug SOMP” та “Way2Drug RA”. З огляду на те, що структурною особливістю хінолін-4(1Н)-онів є можливість існування прототропної таутомерії в гетероциклі, обчислення проводили для обох теоретично можливих таутомерних форм молекули атристаміну – 2-метил-3-(феніламінометил)-1Н-хінолін-4-ону та 4-гідрокси-2-метил-3-(феніламінометил)-хіноліну.
Результати й обговорення. Наявність вторинної аміногрупи в молекулі 2-метил-3-(феніламінометил)-1Н-хінолін-4-ону і 4-гідроксигрупи в молекулі іншого таутомера (4-гідрокси-2-метил-3-(феніламінометил)-хіноліну) зумовлює високу ймовірність глюкуронування з утворенням, відповідно, N- та О-глюкуронідів. Для 2-метил-3-(феніламінометил)-1Н-хінолін-4-ону як більш стійкої форми показано, що основними шляхами метаболізму можуть бути ароматичне гідроксилювання, аліфатичне гідроксилювання, окиснювальне дезамінування, N-гідроксилювання та епоксидування. Найбільшої уваги заслуговує напрямок аліфатичного гідроксилювання, оскільки, на відміну від усіх інших шляхів, у результаті цього прогнозується утворення генерації метаболітів з новими фармакологічними властивостями (похідні кінуренової кислоти).
Висновок. Результати in silico дослідження можливих шляхів метаболізму атристаміну в організмі людини свідчать на користь того факту, що досліджувана сполука з високою ймовірністю інтенсивно метаболізується з участю ензимних систем цитохрому P450, що обов’язково необхідно врахувати в подальшому при плануванні експериментів in vivo.
Cite
Citations (0)
Білім берy қоғaмның экономикaлық дaмyының негізі, әлеyметтік тұрaқтылықтың фaкторлaрының бірі, хaлықтың рyхaни-aдaмгершілік әлеyетінің және интеллектyaлдық өсyінің қaйнaр көзі ретінде бaрлық yaқыттaрдa тaптырмaс құндылық болып есептеліп келеді. Aл қaзіргідей aдaм кaпитaлын қaлыптaстырy мен дaмытy мәселесін шешy негізгі міндет ретінде қaрaстырылaтын зaмaндa хaлықтың білімдік қaжеттіліктері өсіп, жоғaры, ортa aрнayлы, кәсіби қосымшa білім aлyғa үміткерлер сaны aртa түсyде. Бұғaн жayaп ретінде білім берy ұйымдaрының сaлaлaнyы aртып, әртүрлі типтегі оқy орындaрының сaны aртyдa, білім берyдің инфрaқұрылымы, бaсқaрy формaлaры, әдістемелік, ғылыми қызмет түрлері дaмyдa. Олaрды білім aлyшылaрдың жеке сұрaныстaры мен мүмкіндіктеріне бaғыттay күшейтілyде. Осығaн орaй білімнің сaпaсынa қойылaтын тaлaптaр aртып, бұл сaлaның әлеyметпен өзaрa әрекеттестігіне негізделген құрылымдық – қызметтік дaмyының көкейтестілігі aртyдa. Мaқaлaдa «серіктестік», «әлеyметтік серіктестік», «білімдегі әлеyметтік серіктестік» ұғым- дaрының мәні aшылып, олaрдың қaлыптaсy және дaмy үрдісіне шолy жaсaлaды, жоғaры оқy орындaрындa педaгогтaрды дaярлayдa әлеyметтік серіктестердің әлеyетін пaйдaлaнyдa бaсшылыққa aлынaтын ұстaнымдaр мен тиімді жолдaры сипaттaлaды. Түйін сөздер: серіктестік, әлеyметтік серіктестік, білімдегі әлеyметтік серіктестік, бірлескен әрекет ұстaнымдaры, әлеуметтік серіктестік әлеуеті. Обрaзовaние является основой экономического рaзвития обществa, одним из фaкторов социaль- ной стaбильности, источником дyховно-нрaвственного потенциaлa и интеллектyaльного ростa людей и во все временa считaлось незaменимой ценностью. И в нaстоящее время, когдa решение проблемы формировaния и рaзвития человеческого кaпитaлa рaссмaтривaется кaк основнaя зaдaчa, рaстyт обрaзовaтельные потребности людей, yвеличивaется количество желaющих полyчить высшее, среднее, специaльное, профессионaльное дополнительное обрaзовaние. В ответ нa это yсиливaется рaзветвленность обрaзовaтельных оргaнизaций, yвеличивaется количество обрaзовaтельных оргaни- зaций рaзличного типa, рaзвивaются инфрaстрyктyрa обрaзовaния, формы yпрaвления, методическaя и нayчнaя деятельность. Yсиливaется их ориентaция нa индивидyaльные потребности и возможности обyчaющихся. В связи с этим повышaются требовaния к кaчествy обрaзовaния, возрaстaет знaчение стрyктyрно-фyнкционaльного рaзвития этой сферы нa основе взaимодействия с обществом. В стaтье рaскрывaется знaчение понятий «пaртнерство», «социaльное пaртнерство», «социaльное пaртнерство в обрaзовaнии», рaссмaтривaется процесс их стaновления и рaзвития, описывaются рyко- водящие принципы и эффективные способы использовaния потенциaлa социaльных пaртнеров в подготовке педaгогических кaдров в высших yчебных зaведениях. Ключевые словa: партнерство, социaльное пaртнерство, социaльное пaртнерство в обрaзовaнии, принципы совместного действия, поненциал социального партнерство. Education is the basis of the economic development of society, one of the factors of social stability, a source of spiritual and moral potential and intellectual growth of people and has always been considered an irreplaceable value. And at the present time, when the solution of the problem of the formation and development of human capital is considered as the main task, the educational needs of people are growing, the number of people wishing to receive higher, secondary, special, professional additional education is increasing. In response to this, the branching of educational organizations is increasing, the number of educational organizations of various types is increasing, the infrastructure of education, forms of management, methodological and scientific activities are developing. Their focus on the individual needs and capabilities of students is increasing. In this regard, the requirements for the quality of education are increasing, the importance of the structural and functional development of this sphere on the basis of interaction with society is increasing. The article reveals the meaning of the concepts of "partnership", "social partnership", "social partnership in education", examines the process of their formation and development, describes the guidelines and effective ways to use the potential of social partners in the training of teachers in higher educational institutions. Keywords: partnership, social partnership, social partnership in education, principles of joint action, the potential of social partnership.
Cite
Citations (0)
Предложено для более точной оценки in silico показателей ADMET лекарственных веществ использовать мультипликативную функцию принадлежности. Применимость новой метрики показана на примере прогноза кардиотоксичности. На платформе Drug Bank найдены три препарата с известной кардиотоксической активностью (Амиодарон, Флуоксетин, Терфенадин) и три препарата, не проявляющие кардиотоксических свойств (Папаверин, Пиридоксин, Левофлоксацин). С помощью программы PASS и on-line ресурса ADMET-PreServ Осуществлен мультипликативный и простой консенсусный прогноз кардиотоксических свойств шести указанных референсных препаратов и десяти новых соединений. Проведено сравнение прогностической способности двух метрик. Показано, что мультипликативная функция принадлежности как метрика оценки in silico наличия у химических соединений кардиотоксических свойств является более предпочтительной, чем простая консенсусная оценка. Разработанная метрика может быть рекомендована для оценки in silico других ADMET характеристик.
Cite
Citations (0)
This study describes in silico validation of the wet lab data from aeroplysinin-1, curcumin and halofuginone using Autodock Tools 4.0. The inhibition patterns of the vascular endothelial cell differentiation and capillary tube formation mediated by anti-angiogenic growth factors from these test compounds were found quite comparable with the in silico results using angiogenic targets (EFGR, bFGF and VEGFR-1). Successful validation of the wet lab results of the selected angiogenic targets by in silico method has led to exploit the hidden potential of in silico tools in preliminary screening of the unknown compounds for anti-angiogenic potential in a cost-effective manner.
AutoDock
Cite
Citations (10)
生命を維持するための根幹的な機能として細胞に組み込まれた「アポトーシス（細胞死）」は，その異常が癌やアルツハイマー病などの重篤な疾患の発症に密接に関わっていることから，近年，医学・薬学の分野で特に注目を集めている．また，アポトーシスの分子機構および制御機構の解明が進み，創薬ターゲットタンパク質分子も数多く見い出されており，今やアポトーシスは創薬の宝庫と言われるに至っている．一方，21世紀の医薬として，各人のゲノム体質に合った適正な治療，いわゆる“テーラーメイド医療”が期待されている．しかし，それを真に現実のものとするには，各人の疾患遺伝子の産物である創薬ターゲットタンパク質に対して最適な親和性をもつ医薬分子を理論的に創製することが求められる．これを可能とするにはコンピュータシミュレーション技術を取り入れた，これまでにない新しいin silico創薬方法論およびその手法を開発する必要がある．本稿では，我々が進めている創薬ゲノム科学と情報計算科学を融合した新しいin silico創薬の展開について，アポトーシス制御性リード化合物の創製を例に挙げながら紹介する．
Cite
Citations (0)
A large-scale in silico evaluation of gene deletions in Saccharomyces cerevisiae was conducted using a genome-scale reconstructed metabolic model. The effect of 599 single gene deletions on cell viability was simulated in silico and compared to published experimental results. In 526 cases (87.8%), the in silico results were in agreement with experimental observations when growth on synthetic complete medium was simulated. Viable phenotypes were correctly predicted in 89.4% (496 out of 555) and lethal phenotypes were correctly predicted in 68.2% (30 out of 44) of the cases considered. The in silico evaluation was solely based on the topological properties of the metabolic network which is based on well-established reaction stoichiometry. No interaction or regulatory information was accounted for in the in silico model. False predictions were analyzed on a case-by-case basis for four possible inadequacies of the in silico model: (1) incomplete media composition, (2) substitutable biomass components, (3) incomplete biochemical information, and (4) missing regulation. This analysis eliminated a number of false predictions and suggested a number of experimentally testable hypotheses. A genome-scale in silico model can thus be used to systematically reconcile existing data and fill in our knowledge gaps about an organism.
Cite
Citations (138)
Abstract Breast cancer is a frequent female malignant tumor with high mortality and poor prognosis. Peroxidasin like (PXDNL) has many biological functions, including characteristic activity of hormone biosynthesis, host defense, and cell motility. In addition, PXDNL is closely connected with the progression of breast cancer. In this study, we found that PXDNL may be an independent prognostic biomarker of breast cancer. We tested the mRNA expression of PXDNL in breast cancer by detecting The Cancer Genome Atlas (TCGA) database. The chi-squared test was used to evaluate clinical correlation. The receiver operating characteristic (ROC) curves were drawn to evaluate diagnosis potential in breast cancer. Subsequently, survival analyses were performed to identify the relevance between the expression of PXDNL and the overall survival/relapse-free survival of patients with breast cancer. Univariate/multivariate Cox regression model was executed to detect risk factors affecting the prognosis of patients with breast cancer. PXDNL is highly expressed in breast cancer tissues and is related to survival status of patients. The ROC curve showed that PXDNL had beneficial diagnostic ability in breast cancer. Survival analysis indicated that patients with breast cancer with high PXDNL expression generally had decreased overall survival/relapse-free survival. Univariate/multivariate Cox model analyses further suggested an association between PXDNL expression and prognosis of patients with breast cancer. High PXDNL expression is a potential and independent prognostic biomarker in breast cancer.
Cite
Citations (21)