Systematic Discovery of Natural Products for Relieving Coronavirus Disease 2019 Symptoms by a Transcriptome-based Functional Gene Module Reference Approach
Yingdong WangJin TongYuanyuan ZhangLingmin ZhanCaiping ChengJinzhong ZhaoWuxia ZhangBangze FuPeng LiTiangang Li
0
Citation
34
Reference
10
Related Paper
Abstract:
Abstract Objective: Patients with coronavirus disease 2019 (COVID-19) experience various symptoms such as fever, cough, fatigue, and headache. At present, only two traditional over-the-counter medications, acetaminophen, and ibuprofen, are recommended for treating COVID-19 symptoms. However, there is an urgent need to discover safer remedies, potentially found in daily food items, that can be used for long-term prevention of COVID-19 symptoms. This study aimed to explore safe natural products capable of alleviating COVID-19 symptoms. Materials and Methods: We developed a Transcriptome-based Functional Gene Module Reference (TFGMR) approach, utilizing gene expression data from natural products and gene modules associated with COVID-19. Our hypothesis was that candidate natural products would significantly inhibit the expression of genes linked to COVID-19 symptoms without enhancing the expression of genes related to severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 invasion. Results: Using the TFGMR approach, we identified 109 natural products with the potential to alleviate COVID-19 symptoms, with 15 of them having experimental evidence supporting their efficacy. These natural products consist of three daily food items – olive oil, nuts, and a mixture of vegetables, fruits, and yogurt; 43 functional foods, such as Fructus Gardeniae and Flos Lonicerae; as well as 63 natural drugs such as Plantamajoside and Safflomin A. These findings suggest that incorporating these three daily food items into one’s diet may contribute to the prevention of COVID-19. Conclusion: The study underscores the importance of recommending functional foods based on robust scientific evidence supporting their efficacy. The integration of diverse technological approaches holds promise in identifying safe remedies that could aid in the prevention and alleviation of COVID-19 symptoms, providing new opportunities for their everyday use.연구목적 본 연구의 목적은 COVID-19 전·중·후에 발간된 뉴스 기사의 키워드 변화를 분석하고 이를 바탕으로 ‘여가’에 대한 인식과 패턴의 변화에 대해 살펴보고자 하였다. 연구방법 연구목적을 달성하기 ‘빅카인즈’에서 여가 키워드로 뉴스 기사를 수집하였고 수집된 데이터는 텍스톰(TEXTOM)을 활용하여 빈도분석과 워드클라우드, N-gram분석을 실시하였다. 결과 첫째, 빈도분석 결과를 살펴보면, COVID-19 전에는 서울, 관계자, 주민, 시간, 일자리 순으로 나타났고 COVID-19 중에는 서울, 코로나, 관계자, 온라인, 일자리 순으로 나타났으며, COVID-19 후 서울, 관계자, 참여자, 시민, 일자리 순으로 나타났다. 둘째, N-gram 분석 결과 COVID-19 전에는 경로당+노인, 문화+여가, 장애인+복지관 순으로 나타났다. COVID-19 중에는 서울+코로나, 코로나+온라인, 소상공인+코로나 순으로 나타났으며, COVID-19 후에는 한강+서울, 수변+서울, 경로당+노인 순으로 나타났다. 결론 첫째, COVID-19 전과 후의 키워드가 유사하게 나타났다. 이는 COVID-19 중 여가의 변화가 일어났지만, 점차 회복하고 있는 것으로 판단할 수 있다. 둘째, COVID-19 전·중·후 동시 출연 단어로 문화+여가와 경로당+노인이 높은 빈도를 나타낸다. 이는 다양한 연령대에서 ‘여가’에 대한 관심과 참여가 멈추지 않을 정도로 높은 중요도를 가지고 활동이 이루어지고 있으므로 보여준다. 따라서 긍정적인 효과를 도출할 수 있는 ‘여가’와 관련된 지원 사업의 확장과 각 대상에 따른 맞춤형 지원 등의 필요성이 강조된다.
2019-20 coronavirus outbreak
Cite
Citations (1)
Abstract Age is well-known to be a significant factor in both disease pathology and response to treatment, yet the molecular changes that occur with age in humans remain ill-defined. Here, using transcriptome profiling of healthy human male skin, we demonstrate that there is a period of significantly elevated, transcriptome-wide expression changes occurring predominantly in middle age. Both pre and post this period, the transcriptome appears to undergo much smaller, linear changes with increasing age. Functional analysis of the transient changes in middle age suggest a period of heightened metabolic activity and cellular damage associated with NF-kappa-B and TNF signaling pathways. Through meta-analysis we also show the presence of global, tissue independent linear transcriptome changes with age which appear to be regulated by NF-kappa-B. These results suggest that aging in human skin is associated with a critical mid-life period with widespread transcriptome changes, both preceded and proceeded by a relatively steady rate of linear change in the transcriptome. The data provides insight into molecular changes associated with normal aging and will help to better understand the increasingly important pathological changes associated with aging.
Senescence
Cite
Citations (60)
Transcriptome analysis is a powerful tool to characterize changes in leukocyte gene expression patterns and reveal very early molecular abnormalities in tissue. Herein, we report on characterization of the very earliest abnormalities in the transcriptome of leukocytes from young "prepathologic" NOD and NON female mice.
Cite
Citations (6)
본 연구는 COVID-19와 같은 신종전염병으로 인한 일상생활, COVID-19에 대한 인식, 심리 · 감정 태도의 변화에 대하여 알아보고자 하였다. 연구 데이터는 한국언론진흥재단에서 전 국민 만 19세 이상 성인 1,000명을 대상으로 2022년 8월 21일~9월 4일까지 온라인 설문 조사한 “COVID-19 이후 국민의 일상변화” 자료에서 서울 · 경기 · 인천지역 성인 512명을 추출하고 성별을 기준으로 분석하였다. COVID-19로 인한 가계 경제의 변화에서 COVID-19로 인하여 남·여 모두 가계 경제가 어려워졌고, 월수입도 감소했다고 응답하였다. COVID-19 종식 후 변화될 생활상태 변화는 건강관리 및 개인위생은 COVID-19 전보다 관리를 증가한 상태로 유지할 것이라 하였다(p =.026). COVID-19 발생이 개인에게 미치는 영향력에서 COVID-19 관련 허위정보 및 오정보를 남성이 여성보다 잘 구별한다고 인식하였다(p =.001). COVID-19로 인한 심리감정 상태는 “불안 두려움(p .001)”, “무기력감 또는 좌절감(p .001)”, “짜증 또는 화(p =.029)”, “걱정 또는 스트레스(p .001)”, “외로움 또는 우울(p .001)”에서 남성보다 여성이 높게 나타났다. 결과적으로 COVID-19의 종식보다는 “위드-코로나”를 준비해야 한다고 생각하는 시점에서 조만간 우리가 맞게 될 “위드-코로나”에 대한 억눌리고 하지 못했던 것들에 대한 폭발적 발산이 아닌 체계적으로 준비된 “위드-코로나”를 맞이해야 앞으로 발생하는 신종전염병과 같은 재앙에 대비할 수 있을 것이라 생각한다.
2019-20 coronavirus outbreak
Cite
Citations (1)
Abstract The human genome is thought to contain 100 000 genes of which a subset of approximately 15 000 to 20 000 genes is expressed in an individual cell. The set of genes expressed and the stoichiometry of the resulting messenger RNAs, together called a transcriptome, determine the phenotype of a cell, tissue, and whole organism. It is generally accepted that a transcriptome is largely determined by an interplay of hereditary and environmental factors. For example, in the CNS, a challenge from the environment, e.g. a learning or a traumatic experience may lead to an alteration of the transcriptome of target neurons. Thus, transcriptome analysis and subsequent transcriptome comparisons may reveal novel insights in the molecular mechanisms underlying complex processes such learning and memory formation.
Cite
Citations (0)
要旨 【目的】 COVID–19流行下において救急搬送された自殺企図患者の特徴を調査し，パンデミックが自殺に与える影響を検討する。 【対象】 2020年1月から12月をCOVID–19流行期，2018年1月から2019年12月までの2年間をCOVID–19非流行期として，当院救命救急センターに搬送された自殺企図および自殺既遂患者の年齢，性別，精神科通院歴，自殺手段を調査した。2020年と2019年については自殺企図者の同居家族，経済問題，就労，精神科診断についても調査した。さらに流行期については，20歳ごとの年代別，月別患者数を調査して，COVID–19新規患者数と比較した。 【結果】 2020年の自殺企図患者数は20代以下が39%を占めており，COVID–19非流行期の27%と比較して若年者の割合が増加していた。2020年の月別患者数の変化では，年代に関係なく，COVID–19新規感染者数が増加している時期には自殺企図患者は少なく，新規感染者数が減少した時期に自殺企図患者数の増加がみられた。自殺既遂についても同様の傾向がみられた。 【結語】 COVID–19の流行期では，若年者の自殺企図が増加した。また，流行期における自殺企図者数はCOVID–19新規感染者数の増減と逆の変動を示した。今後，パンデミックが自殺企図に与える影響をさらに解析する必要がある。
2019-20 coronavirus outbreak
Pandemic
Betacoronavirus
Cite
Citations (0)
Цель – выявить эпидемиологические особенности формирования очагов COVID-19 с распространением в организованных коллективах Хабаровского края в период с апреля по сентябрь 2020 г.
Материалы и методы. В период наблюдения зарегистрирован 31 эпидемический очаг с массовым распространением CОVID-19 в организованных коллективах Хабаровского края. При проведении эпидемиологического анализа учитывался вклад групповой заболеваемости в общую заболеваемость COVID-19, индекс очаговости (среднее число заболевших в очаге), показатели первичной и вторичной (среди контактных лиц) заболеваемости в организованных коллективах в расчете на 1000 лиц, общавшихся в очаге, удельный вес клинических форм инфекции COVID-19, в том числе в зависимости от типа эпидемического очага. Статистическая обработка данных проводилась с использованием методов непараметрического анализа в программе STATISTICA 6.0. На основе установленных критериев активности эпидемического процесса (ЭП) осуществлялась оценка эпидемической значимости различных типов очагов групповой заболеваемости. Для присвоения ранговых номеров критериев применены методики Хи-квадрата Пирсона, Хи квадрата Пирсона с поправкой Йейтса, в отношении средней длительности существования очага использован метод Манна-Уитни.
Результаты и обсуждение. Самая высокая степень активности ЭП наблюдалась при формировании очагов групповой заболеваемости COVID-19 в социальных стационарных учреждениях, которая проявилась наибольшим (средним на 1 очаг) числом заболевших/инфицированных COVID-19, самыми высокими показателями общей и вторичной (то есть среди контактных в очагах) заболеваемости инфекцией и наибольшей длительностью активности ЭП в очагах. К критериям несколько меньшей, но достаточно существенной активности ЭП в очагах, сформированных в медицинских организациях, следует отнести высокий уровень общей заболеваемости COVID-19, приходящийся в среднем на 1 эпидемический очаг, регистрацию заболеваемости среди контактных с первично заболевшими лицами, наличие летальных исходов среди заболевших в очагах, а также большой вклад медицинских работников в общую групповую заболеваемость COVID-19, зарегистрированную в лечебно-профилактических учреждениях края. Меньшая степень активности ЭП COVID-19 выявлена в очагах групповой заболеваемости, зарегистрированных на крупных промышленных предприятиях и в образовательных организациях, для которых оказались не характерными случаи заболеваний среди контактных лиц и летальные исходы среди инфицированных в очагах. Статистически значимо наиболее высокий удельный вес острых респираторно-вирусных инфекций в структуре лиц, заболевших COVID-19, оказался свойственным для очагов с распространением в образовательных коллективах.
Заключение. На основе представленных критериев активности ЭП может быть использован дифференцированный подход к проведению мер профилактики в очагах групповой заболеваемости COVID-19. В коллективах с высоким риском распространения COVID-19, в которых вероятность возникновения вспышечной заболеваемости особенно велика, наиболее оправдан усиленный комплекс постоянно действующих упреждающих мер профилактики новой коронавирусной инфекции.
2019-20 coronavirus outbreak
Pandemic
Cite
Citations (0)
Abstract Since age related perturbations in gene expression profiles have been described and transcriptomic changes in specific biological pathways have been implicated in the aging process, we performed whole transcriptome sequencing on 4000 HRS participants using RNA obtained from Paxgene tubes collected during the 2016 interview. We will describe design and implementation of innovative quality control procedures to minimize technical variability in transcriptomic measurements and monitor analytical variation in large population studies such as HRS. We will also report the distribution of transcriptomic profiles according to various demographic characteristics (age, sex, racial/ethnic and socioeconomic differences) and describe the prevalence of previously reported aging related transcriptomic signatures in HRS. We will describe the associations between transcriptomic profiles and other measures of biological aging in HRS and report how changes in cell composition can affect transcriptomic profiles observed in population studies such as HRS.
RNA-Seq
Cite
Citations (0)
日本の医学部において国際認証に基づいた医学教育分野別評価を受審する中,クリニカルクラークシップにおける参加型クリニカルクラークシップ(以下,参加型CC)の実践が求められ,教育方略を再考する時期となっている.2020年に始まったCOVID-19パンデミックにより,目指した参加型CCは大きく後退した.また大学病院では手術件数増加など臨床が多忙化し,十分なマンパワーを教育に充てることが困難な状態となっている.このように臨床医が行う医学教育に対しては多くの問題が存在する一方,麻酔科学には医学生が獲得すべきコンピテンシーが多く含まれており,その教育の必要性は高い.どのようにすれば魅力的な,かつ医学生がより一層成長できる参加型CCを展開することができるのであろうか.本稿では島根大学麻酔科が取り組む参加型CCについて課題や問題点を明らかにする.
2019-20 coronavirus outbreak
Betacoronavirus
Cite
Citations (0)
Введение. Хроническим заболеваниям легких с начала пандемии COVID-19 уделяется большее внимание из-за общих с новой коронавирусной инфекцией органов-мишеней. В связи с этим можно предположить, что пациенты с респираторными заболеваниями в сочетании с COVID-19 имеют высокий риск тяжелых обострений заболевания и тяжелого течения COVID-19. Особую опасность представляет развитие инфекции COVID-19 у больных ХОБЛ, так как эти пациенты чаще имеют сопутствующие заболевания, относятся к старшим возрастным группам и имеют выраженные нарушения легочной функции (Арутюнов Г.П., Тарловская Е.И., Козиолова Н.А., Белевский А.С. и др., 2020). Мало доказательств того, что пациенты с бронхиальной астмой подвергаются повышенному риску заражения COVID-19 или более тяжелому течению заболевания (Lui S., Zhi Y., Ying S., 2020), однако такое сочетание, по некоторым данным, часто приводит к госпитализации по поводу обострения астмы (Abrams Е., Jong G., Yang C., 2020). У пациентов с интерстициальными заболеваниями легких (ИЗЛ), особенно с большими фиброзными изменениями и низкими функциональными показателями, наблюдается более тяжелое течение заболевания и более высокий риск смертности от COVID-19 (Drake T., Docherty A., Harrison E., Quint J., 2020). По данным некоторых исследований, пациенты с саркоидозом легких, особенно те, кто принимает иммуносупрессивные препараты, подвергаются повышенному риску заражения COVID-19 (Baughman R., Lower E., Buchanan M., Rottoli P., 2020). В настоящее время продолжается изучение особенностей течения ХОБЛ, бронхиальной астмы, ИЗЛ и других респираторных заболеваний в сочетании с COVID-19. На сегодняшний день нет достаточных данных о долгосрочных негативных эффектах влияния COVID-19 на респираторную систему и увеличения темпов прогрессирования хронических легочных заболеваний. В связи с этим проведение исследований, направленных на изучение влияния COVID-19 на течение хронических неспецифических болезней легких, соответствует требованиям времени. Цель исследования: изучить особенности влияния COVID-19 на течение хронических респираторных заболеваний.
2019-20 coronavirus outbreak
Cite
Citations (0)