Assessment of Mutations Associated With Genomic Variants of SARS-CoV-2: RT-qPCR as a Rapid and Affordable Tool to Monitoring Known Circulating Variants in Chile, 2021
Jenniffer AnguloConstanza Martínez-ValdebenitoCatalina Pardo‐RoaLeonardo I. AlmonacidEugenia Fuentes-LuppichiniAna María Carmona ContrerasConstanza MaldonadoNicole Le CorreFrancisco MeloRafael MedinaMarcela Ferrés
5
Citation
24
Reference
10
Related Paper
Citation Trend
Abstract:
Since the first report of SARS-CoV-2 infection in humans, the virus has mutated to develop new viral variants with higher infection rates and more resistance to neutralization by antibodies elicited after natural SARS-CoV-2 infection or by vaccines. Therefore, rapid identification of viral variants circulating in the population is crucial for epidemiological assessment and efforts to contain the resurgence of the pandemic. Between January and November 2021, we performed a large variant RT-qPCR-based screening of mutations in the spike protein of 1851 SARS-CoV-2-positive samples derived from outpatients from the UC-Christus Health Network in Chile. In a portion of samples (n = 636), we validated our RT-qPCR-pipeline by WGS, obtaining a 99.2% concordance. Our results indicate that from January to March 2021 there was a dominance of non-identifiable variants by the RT-qPCR-based screening; however, throughout WGS we were able to identify the Lambda (C.37) variant of interest (VOI). From March to July, we observed the rapid emergence of mutations associated with the Gamma variant (P.1), which was quickly replaced by the appearance of a combination of samples harboring mutations associated with the Delta variant (B.1.617.2), which predominated until the end of the study. Our results highlight the applicability of cost-effective RT-qPCR-based screening of mutations associated with known variants of concern (VOC), VOI and variants under monitoring (VUM) of SARS-CoV-2, being a rapid and reliable tool that complements WGS-based surveillance.Keywords:
Concordance
Pandemic
Вынужденное применение строгих критериев селекции, при определении показаний к обследованию на РНК SARS-CoV-2 в дебюте эпидемического подъема COVID-19, создает риски существенной недооценки числа инфицированных лиц в популяции по данным регистрируемой заболеваемости. Достаточно длительный период выделения SARS-CoV-2 с фекалиями пациентов, в том числе при субманифестном течении COVID-19, которое часто наблюдается у детей, позволяет использовать данный тип материала для выявления скрытой циркуляции SARS-CoV-2 на территориях и оценки объективности регистрируемых уровней заболеваемости. Инфекционные диареи являются наиболее распространенной группой нозологий, надзор за которыми обеспечивает доступность материала для проведения данного мониторинга. Наряду с этим, оценка распространенности SARS-CoV-2 в образцах фекалий позволяет корректнее оценить риски работы с таким материалом в лабораториях, проводящих скрининговую диагностику инфекционных диарей в период пандемии COVID-19.
2019-20 coronavirus outbreak
Betacoronavirus
Sars virus
Pandemic
Cite
Citations (0)
В конце 2019 – начале 2020 годов появились сообщения о вспышке инфекции, вызванной новым штаммом бета-коронавируса SARS-CoV-2, заболевание ВОЗ определила как coronavirus disease 2019 (COVID-19). В Санкт-Петербурге первый случай COVID-19 был диагностирован 2 марта 2020 г., период нарастания заболеваемости продолжался в течение 10 недель, максимальные показатели были зафиксированы в середине мая, в дальнейшем отмечалось статистически значимое снижение заболеваемости. Целью проведенного сероэпидемиологического исследования было определение уровня и структуры популяционного иммунитета к вирусу SARS-CoV-2 среди населения Санкт-Петербурга в период интенсивного распространения COVID-19. Отбор волонтеров для исследования проводили методом анкетирования и рандомизации путем случайной выборки. Критерием исключения была активная инфекция COVID-19 в момент анкетирования. На наличие специфических антител к SARS-CoV-2 обследовано 2713 человек. Возраст обследованных добровольцев варьировал от 1 года до 70 лет и старше. Результаты исследования показали, что в Санкт-Петербурге в активную фазу заболеваемости COVID-19 наблюдалась умеренная серопревалентность к SARS-CoV-2, составившая 26%, на фоне высокой частоты (84,5%) бессимптомной инфекции у серопозитивных лиц, не имевших в анамнезе перенесенного заболевания COVID-19, положительного результата ПЦР и симптомов ОРВИ в день обследования. Максимальные показатели коллективного иммунитета установлены у детей 1-6 лет (31,1%), детей 7-13 лет (37,7%) и лиц старше 70 лет (30,4%), различия с уровнем серопревалентности в возрастных группах 18-49 лет статистически значимы. В социально-профессиональной структуре населения наибольший уровень серопревалентности выявлен среди безработных (29,7%), работников здравоохранения (27,1%), образования (26,4%) и бизнеса (25%). У реконвалесцентов COVID-19 антитела вырабатываются в 75% случаев. У лиц с позитивным результатом ПЦР-анализа, проведенного ранее, антитела выявляются в 70% случаев. Результаты исследования о состоянии коллективного иммунитета к вирусу SARS-CoV-2 необходимы для разработки прогноза развития эпидемиологической ситуации, а также планирования мероприятий по специфической и неспецифической профилактике COVID-19.
2019-20 coronavirus outbreak
Coronavirus
Betacoronavirus
Pandemic
Cite
Citations (12)
В декабре 2019 г. появилась информация о новом заболевании, этиологическим фактором которого оказался β-коронавирус SARS-CoV-2. В Иркутской области первый больной COVID-19 выявлен 21 марта 2020 года. Это был завозной случай из Объединенных Арабских Эмиратов (ОАЭ). Период нарастания интенсивности эпидемического процесса продолжался 10 недель, после чего было зафиксировано постепенное снижение. Определение серопревалентности к COVID-19 было организовано в период с 23.06.2020 по 19.07.2020 г практически на максимальном уровне заболеваемости. Работа проводилась в рамках проекта Роспотребнадзора по оценке популяционного иммунитета к SARS-CoV-2 у населения Российской Федерации с учетом протокола, рекомендованного ВОЗ. Содержание антител к SARS-CoV-2 определяли методом иммуноферментного анализа (ИФА) с использованием набора реагентов для анализа сыворотки или плазмы крови человека на наличие специфических иммуноглобулинов класса G к нуклеокапсиду вируса SARS-CoV-2 производства ФБУН ГНЦПМиБ Роспотребнадзора (г. Оболенск) в соответствии с инструкцией по применению.
Результаты исследования показали, что коллективный иммунитет совокупного населения Иркутской области составил 5,8%. Его максимальный уровень установлен у детей 14-17 лет (13,8 %) и 1-6 лет (11,8 %). Показано, что при наличии контактов с больными COVID-19 риск инфицирования возрастает в 3,1 раза. После перенесенной COVID-19 антитела вырабатываются в 56,5 % случаев. Доля бессимптомных форм среди серопозитивных жителей Иркутской области составила 81,2 %.
Результаты оценки популяционного иммунитета к вирусу SARS-CoV-2 у населения Иркутской области свидетельствуют о том, что в период эпидемического подъема заболеваемости инфекцией COVID-19 сформировался невысокий уровень серопревалентности. После перенесенного заболевания у 43 % лиц, антитела не выявлены. Значительная доля бессимптомных форм инфекции характеризует высокую интенсивность скрыто развивающегося эпидемического процесса. Полученные результаты необходимо учитывать при организации профилактических мероприятий, включая вакцинацию, и прогнозировании заболеваемости.
2019-20 coronavirus outbreak
Betacoronavirus
Sars virus
Pandemic
Coronavirus
Cite
Citations (2)
Актуальность. 2020 год в истории человечества останется годом испытаний для населения более чем 180 стран мира, их правительств, экономик и систем здравоохранения в связи с пандемией острой респираторной болезни COVID-19, вызванной коронавирусом SARS-CoV-2. На конец мая в мире заболели коронавирусной инфекцией COVID-19 6 159 953 человек, 371 006 умерли, 2 738 179 выздоровели. Разработка вакцины против трех известных типов коронавируса может занять от одного до полутора лет и потребует дополнительно $2 млрд, считают во Всемирном банке. Цель исследования. Определить риски медицинской деятельности для учреждений первичной медицинской помощи в условиях эпидемии острой респираторной болезни COVID-19, вызванной коронавирусом SARS-CoV-2, и подходы к управлению ими. Материалы и методы. В качестве материалов исследования использованы научные источники (1 ед.), международные документы (7 ед.), законодательные и нормативно-правовые акты (10 ед.). Использованы методы системного подхода, системного и контент-анализа, концептуального моделирования. Результаты. Установлено, что в учреждениях первичной медицинской помощи Украины в период эпидемии острой респираторной болезни COVID-19, вызванной коронавирусом SARS-CoV-2, реализовались управленческо-организационные, нормативно-правовые, финансово-хозяйственные, операционно-технологические, кадровые риски за счет введения карантина на государственном уровне, утверждения нормативно-правовых документов по организации и оказанию медицинской помощи пациентам с COVID-19, в которые несколько раз вносились изменения за короткий период времени, начала второго этапа медицинской реформы с 01.04.2020 в учреждениях здравоохранения вторичной медицинской помощи. Предложено несколько направлений совершенствования подходов к управлению рисками в существующей системе риск-менеджмента учреждений первичной медицинской помощи: усиление руководства учреждением путем внедрения дополнительной специализированной функциональной структуры при руководителе – штаба управления учреждением в условиях эпидемии; разработка и реализация эффективной стратегии эпидемического мониторинга, профилактики и инфекционного контроля; обновления контента информации о рисках в целях обмена между всеми заинтересованными сторонами; пересмотр кадровой политики и кадрового обеспечения учреждения. Выводы. Существует необходимость оживления системы риск-менеджмента в учреждениях первичной медицинской помощи в связи со значительным усложнением эпидемической ситуации, которое может продолжаться длительный период времени. Необходимо пересмотреть подходы к управлению рисками в направлениях совершенствования управления учреждением, персоналом, эпидемической безопасностью, информационным обеспечением.
2019-20 coronavirus outbreak
Betacoronavirus
Sars virus
Pandemic
Cite
Citations (1)
Despite the impact of the COVID-19 pandemic on the clinical practice and academia, we are pleased to release the current issue of Ibnosina Journal of Medicine and Biomedical Sciences on time and with the usual blend of stimulating subjects for a wide range of readers with varying interests. We do hope it benefits the readers of the journal, both researchers and practicing clinicians.
Pandemic
2019-20 coronavirus outbreak
Coronavirus Infections
Betacoronavirus
Cite
Citations (0)
Количество пациентов с сахарным диабетом неуклонно растет с каждым годом. В период пандемии COVID-19 люди с диабетов подвергаются большей опасности поскольку возникают сложности с составлением лечения от коронавирусной инфекции и СД.(1) Были выявленные некоторые комбинации препаратов, которые при совместном использовании теряют свои положительные свойства. При фармакотерапии сахарного диабета с коронавирусной инфекцией стоит учитывать совместимость лекарственных препаратов.
2019-20 coronavirus outbreak
Betacoronavirus
Sars virus
Coronavirus Infections
Coronavirus
Cite
Citations (0)
Эффективность Апротинина в качестве профилактического лечения COVID-19 изучалась на экспериментальной модели SARS-CoV-2 у хомяков и у медицинского персонала, работающего с пациентами COVID-19 в стационаре. Показана высокая эффективность Апротинина в пред- и постконтактной профилактике SARS-CoV-2.
2019-20 coronavirus outbreak
Betacoronavirus
Sars virus
Pandemic
Coronavirus
Coronavirus Infections
Cite
Citations (0)
Актуальность: Пандемия новой коронавирусной инфекции – COVID-19 (SARS-CoV-2) – остается глобальной проблемой здравоохранения. Несмотря на беспрецедентные усилия мирового сообщества, число случаев болезни превысило четверть миллиарда, свыше 5 миллионов человек скончались от этой болезни к концу 2021 года. Постоянное появление новых штаммов вируса требует тщательного изучения особенностей инфекционного процесса и возможных отличий течения болезни на фоне изучения патогенеза, диагностики, лечения и профилактики коронавирусной инфекции. Особенно тщательно следует изучать влияние инфекции на течение беременности, родов, послеродового периода. В контексте вышеизложенного, а также принимая во внимание отсутствие данных о возможном скором прекращении пандемии, исследование влияния COVID-19 (SARS-CoV-2) на здоровье беременной женщины является безусловно актуальным на сегодняшний день. Цель исследования – анализ современных данных о влиянии COVID-19 (SARS-CoV-2) на течение беременности, родов, послеродового периода, а также исследований, посвященных изучению состояния так называемых «транзиторных органов, связанных с беременностью», в первую очередь в плаценте, для лучшего понимания ситуации и дальнейшего прогнозирования направлений и перспектив будущих исследований очерченных вопросов. Методы: Для обзора был проведен поиск научной литературы за последние 2 года в PubMed по следующим ключевым словам:«COVID-19 (SARS-CoV-2)», «беременность и роды при COVID-19 (SARS-CoV-2)», «плацента при COVID-19 (SARS-CoV-2)». Результаты: В статье представлены современные данные о влиянии COVID-19 (SARS-CoV-2) на течение беременности и родов, а также исследование плаценты у женщин с COVID-19. Рассмотрены мировые данные об особенностях течения беременности на фоне заболевания и в зависимости от триместра беременности, а также «рабочие теории» патогенеза акушерских осложнений инфекции во время беременности. Проведен обзор данных по реакции со стороны «внеплодовых транзиторных тканей и органов при беременности (плацента)». Заключение: Необходима разработка единой национальной терминологии и классификации болезни COVID-19 и осложнений, связанных с ней, у беременных и новорожденных. Крайне необходимы дальнейшие исследования влияния COVID-19 на беременность. Отдельным направлением исследований должно стать изучение состояния здоровья, течение беременности и перинатальные последствия у вакцинированных женщин.
2019-20 coronavirus outbreak
Betacoronavirus
Sars virus
Coronavirus
Pandemic
Cite
Citations (3)
В декабре 2019 появилась информация о новом заболевании, этиологическим фактором которого оказался β-коронавирус SARS-CoV-2. В Ленинградской области первый случай COVID-19 выявлен 13 марта 2020 года. Период нарастания интенсивности эпидемического процесса продолжался 8 недель. Через один месяц после достижения максимального уровня заболеваемости было организовано исследование по определению серопревалентности к COVID-19 среди населения Ленинградской области. Работа проводилась в рамках проекта Роспотребнадзора по оценке популяционного иммунитета к вирусу SARS-CoV-2 у населения Российской Федерации с учетом протокола, рекомендованного ВОЗ. Содержание антител к SARS-CoV-2 определяли методом ИФА с использованием набора реагентов для анализа сыворотки или плазмы крови человека на наличие специфических иммуноглобулинов класса G к нуклеокапсиду вируса SARS-CoV-2 производства ФБУН ГНЦПМиБ Роспотребнадзора (г.Оболенск) в соответствии с инструкцией по применению. Результаты исследования показали, что коллективный иммунитет совокупного населения Ленинградской области составил 20,7%. Максимальный уровень коллективного иммунитета установлен у детей 1-6 лет (42,3%) и обследованных старше 70 лет (29,0%). Наибольший уровень серопозитивности, кроме детей и лиц старшего возраста, выявлен у безработных (25,1%). Наименьший уровень серопревалентности установлен в подгруппе госслужащих (12,8%) и подгруппе военных (16,7%). Показано, что при наличии контактов с больными COVID-19 риск инфицирования возрастает в 1,5 раза. После инфекции COVID-19 антитела вырабатываются в 82,1% случаев. У лиц с позитивным результатом ПЦР-анализа, полученным ранее, антитела выявляются в 82,8% случаев. Доля бессимптомных форм среди серопозитивных жителей Ленинградской области составила 86,9%. Результаты оценки популяционного иммунитета к вирусу SARS-CoV-2 у населения Ленинградской области свидетельствуют о том, что в период эпидемического подъема заболеваемости инфекцией COVID-19 сформировался средний уровень серопревалентности. После перенесенного заболевания у 18% лиц, антитела не выявляются. Значительная доля бессимптомных форм инфекции характеризует высокую интенсивность скрыто развивающегося эпидемического процесса. Полученные результаты необходимо учитывать при организации профилактических мероприятий, включая вакцинацию, и прогнозировании заболеваемости.
2019-20 coronavirus outbreak
Sars virus
Betacoronavirus
Coronavirus
Cite
Citations (7)
У доповіді зазначено, що в установах НАН України, зокрема в Інституті біохімії ім. О.В. Палладіна НАН України, Інституті біології клітини НАН України, Інституті молекулярної біології і генетики HAH України, Інституті мікробіології і вірусології ім. Д.К. Заболотного НАН України, активно ведуться роботи з розроблення прототипів вітчизняних РНК- та субодиничних вакцин проти коронавірусу SARS-CoV-2, який викликає небезпечне вірусне захворювання COVID-19.
2019-20 coronavirus outbreak
Betacoronavirus
Pandemic
Coronavirus Infections
Sars virus
Cite
Citations (1)