Molecular characterization of Hantan virus Zhejiang isolate ZT10 strain from M.fartis

目的 测定从东方田鼠分离到的汉坦病毒ZT10株的全基因序列,了解该株分子基础.方法 提取ZT10病毒总RNA,对L、M、S基因进行RT-PCR扩增,产物经琼脂糖电泳分析,回收纯化后,将其克隆至pGEM-T载体中,然后进行核苷酸序列的测定及分析.结果 L基因组片段长度为6530个核苷酸,编码2151个氨基酸,与3株Seoul型汉坦病毒的L片段同源性为95.8%～99.7%,而与HTN型汉坦病毒的同源性则较低.将推导的ZT10株编码的氨基酸序列与其他汉坦病毒L片段氨基酸序列进行比较.显示ZT10编码的RNA聚合酶也有6个比较保守的区域.基因组M片段长度为3651个核苷酸,编码1133个氨基酸.结论 序列分析表明,与Seoul型汉坦病毒的M片段同源性为84.0%～96.3%,而与HTN型汉坦病毒的同源性则较低,与从田鼠分离的汉坦病毒(Prospect Hill virus,Tula virus,khabarovsk virus,Isla vista virus)M片段核苷酸同源性仅为57.5%～60.9%.S基因片段与SEO型病毒核苷酸和氨基酸同源性分别为87.9%～96.0%和96.9%～97.9%,与HTN型病毒株76～118的核苷酸和氨基酸同源性分别为71.3%和81.9%,与其他型汉坦病毒的同源均很低.表明ZT10属于SEO型汉坦病毒。