ТЕСТИРОВАНИЕ ПРОСТРАНСТВЕННОЙ СТРУКТУРЫ ЛИДЕРНОЙ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ РНК ВИРУСА ТАБАЧНОЙ МОЗАИКИ МЕТОДАМИ ХИМИЧЕСКОЙ И ЭНЗИМАТИЧЕСКОЙ МОДИФИКАЦИИ

5'-нетранслируемая последовательность РНК вируса табачной мозаики (ВТМ) - так называемый омега-лидер - проявляет свойства усилителя трансляции гомологичных и гетерологичных мРНК. Особенность структуры омега-лидера состоит в том, что в нем отсутствуют гуаниловые остатки, его центральная часть содержит многочисленные тринуклеотидные повторы САА, и, по-видимому, весь лидер лишен сколько-нибудь протяженной вторичной структуры уотсон-криковского типа. В настоящей работе было предпринято тестирование структуры омега-лидера методами химической и энзиматической модификации. Изолированную РНК с нуклеотидной последовательностью омега-лидера подвергали неполной модификации диметилсульфатом и диэтилпирокарбонатом и частичному расщеплению РНКазой А и РНКазой V1. Место и интенсивность модификации или расщепления устанавливали методом ингибирования удлинения праймера. Полученные данные показали, что РНКаза А, атакующая межнуклеотидные связи с 3'-стороны пиримидиновых нуклеотидов в неструктурированных участках РНК, и диэтилпирокарбонат, модифицирующий N7 аденина, не участвующего в стэкинге оснований, слабо воздействуют на сердцевинную, богатую САА-повторами область нуклеотидной последовательности омега-лидера, что прямо указывает на существование стабильной пространственной структуры в этой области. Значительная стабильность структуры центральной части по отношению к этим агентам сопровождается также ее полной стабильностью против РНКазы V1, расщепляющей полинуклеотидные цепи в составе уотсон-криковских двойных спиралей и вообще в спиралях РНК А-типа, свидетельствуя в пользу существования вторичной структуры не-уотсон-криковского типа. Подтверждением последнего является полная чувствительность всех аденинов и цитозинов полинуклеотидной цепи омега-лидера к атаке диметилсульфатом, модифицирующим лишь свободные, незанятые в уотсон-криковских взаимодействиях N1 аденина и N3 цитозина. Таким образом, подтверждено, что, во-первых, регулярная последовательность (САА)П, характерная для центральной части омега-лидера, действительно формирует стабильную вторичную структуру и, во-вторых, формируемая структура не является канонической двойной спиралью уотсон-криковского типа.