Séquençage nouvelle génération (NGS) de mélanomes à partir d’un panel de 315 gènes et 28 introns : intérêt clinique de l’identification de mutations pathogènes hors BRAF/NRAS/KIT dans la vraie vie

Introduction Lors de la decouverte d’un melanome a un stade avance, l’ensemble des plateformes de biologie moleculaire francaises sequencent certains exons de BRAF, KIT et NRAS dans la tumeur. Les techniques, leur sensibilite, et leur couverture varient d’un centre a l’autre. Depuis 2017, certains cliniciens se sont vu proposer grâce au programme « Experience ®  » (partenariat CHU-Roche ® ) en France, une analyse externalisee par sequencage NGS (sequencage nouvelle generation) pour un panel de 315 genes et 28 introns, choisis pour leur role connu dans l’oncogenese. Nous rapportons ici l’interet de ce type de test dans la vraie vie a partir de l’experience de 2 centres hospitalo-universitaires. Materiel et methodes Etude des mutations identifiees et de leurs consequences cliniques dans 33 cas consecutifs de melanomes sequences par le test NGS de FoundationOne ® par une technologie capture par hybridation de 315 genes et 28 introns dans 2 centres hospitalo-universitaires. Resultats Les melanomes de 33 patients ont fait l’objet d’un sequencage FoundationOne ® d’octobre 2017 a mai 2018. Deux sequencages (6 %) etaient non contributifs du fait de la mauvaise qualite de l’ADN extrait. Tous les autres sequencages ont fait l’objet d’un compte-rendu precisant chaque alteration genomique identifiee (1 a 21 alterations genomiques de forte pathogenicite predite/melanome, souvent typiquement UV-induites), ainsi que le statut de stabilite des microsatellites (tous stables) et la charge mutationnelle. Ces resultats mutationnels ont eu 2 grands types de consequences cliniques : d’une part, l’introduction d’une therapie ciblee efficace telle que le sorafenib dans un melanome porteur d’une fusion du gene BRAF , des possibilites therapeutiques nouvelles comme l’introduction du pazopanib pour une mutation FGFR2  et, d’autre part, l’identification de genes de predisposition au melanome, certains connus, et d’autres jamais decrits. Ces mutations (non UV-induites et de frequence allelique de l’ordre de 50 %) ont ete confirmees en germinal chez 5 patients (16 %) : genes CDKN2A , RB1  et CTNNA1  notamment. Discussion La recherche de mutation du gene BRAF est desormais pratique courante dans les centres suivant des patients atteints de melanome metastatique, et il existe une grande diversite de methodes approuvees. Dans cette etude, le NGS a partir de capture par hybridation a permis d’identifier des mutations et fusions activatrices variees, ayant parfois permis d’adapter la prise en charge therapeutique avec succes. De plus, ce NGS a permis d’identifier des mutations germinales inconnues jusqu’alors. Conclusion Un sequencage NGS large et sensible, a partir de capture par hybridation d’un panel de 315 genes et 28 introns, pourrait ainsi servir d’aide en cas d’impasse therapeutique ou en cas de suspicion de predisposition familiale aux cancers encore non caracterisee.