Le champignon phytopathogène Magnaporthe oryzae est-il associé à des bactéries symbiotiques du genre Burkholderia ?

L'Ascomycete Magnaporthe oryzae (Mo) cause la pyriculariose du riz et d'autres Poacees. En sequencant 9 genomes de Mo, nous avons trouve dans 4 d'entre eux des regions genomiques bacteriennes d'une espece non encore decrite du genre Burkholderia (b-proteobacteries). Tres ubiquiste, ce genre comprend des especes commensales, pathogenes, et symbiotiques d'organismes divers dont des champignons. Des symbioses plus ou moins etroites existent entre Burkholderia et des champignons mycorhiziens ou pathogenes. La bacterie peut jouer un role cle dans la biologie du champignon : ainsi le champignon Rhizopus microsporus ne produit pas de rhizoxine (indispensable pour attaquer sa plante hote) sans la bacterie B. rhizoxinica. Les sequences bacteriennes detectees dans les genomes de Mo sont-elles des contaminants, ou s'agit-il d'une reelle association entre Mo et Burkholderia ? Nous presentons des elements preliminaires qui favorisent la seconde hypothese. Pour trois des quatre genomes fongiques contenant la bacterie, la taille cumulee des regions bacteriennes est de 4 a 9 Mb, avec environ 5000 genes. D'apres nos premieres analyses ces 3 " genomes " bacteriens ne sont pas totalement identiques entr eux; il ne s'agirait donc pas d'une souche bacterienne unique. Une technique PCR adaptee aux matrices en tres faibles proportions a permis d'amplifier un gene bacterien (recA, amorces specifiques de nos genomes bacteriens) dans les ADN de Mo sequences au Genoscope, mais aussi dans des ADN d'autres souches de Mo de notre collection. Des colorations (DAPI, Acridine orange) de cultures fraiches des souches de Mo censees contenir la bacterie, ont mis en evidence dans certains cas, des corps pouvant correspondre a des bacteries. Des hybridations in situ ont ete faites avec les sondes eub338 universelle eubacteries, BET42a specifique b-proteobacteries, et SUBU specifique Burkholderia. Un signal positif a ete observe dans plusieurs echantillons hybrides avec les sondes eub338 et BET42a mais pas avec la sonde SUBU. La co-hybridation eub338/BET42a indiquant la presence de bacteries a ete observee plusieurs fois (pas systematiquement). Mais les controles negatifs (sonde antisens eub338 et echantillons non hybrides) ont revele des signaux aspecifiques de taille identique dans les longueurs d'onde utilisees. Ces resultats suggerent que des bacteries sont naturellement associees a Mo, mais des analyses complementaires sont necessaires pour le confirmer et elucider le type d'association en jeu. (Resume d'auteur)