Stratégies de génotypage pour la sélection génomique chez la poule pondeuse

Le developpement d’une puce a SNP commerciale haute densite (HD) de 600 000 SNP en 2013 a permis la mise en place de la selection genomique dans les filieres poules de ponte et poulets de chair. Toutefois cet outil reste cher pour une utilisation en routine sur les candidats de la selection. En parallele, de nouvelles techniques de sequencage NGS permettent d’envisager des solutions autres que les puces a SNP pour la selection genomique. Un des enjeux de la selection genomique est donc de developper des outils de genotypage ou de sequencage des candidats a la selection a moindre cout. A partir des genotypes HD d’une population de reference, il est alors possible avec des methodes d’imputation de deduire les genotypes HD des candidats. Un premier travail a consiste a etudier l’impact de differents facteurs concernant le developpement des puces a SNP basse densite (BD) ou la constitution de la population de reference sur l’efficacite de l’imputation. L’impact de l’utilisation ou non de l’imputation sur l’evaluation genomique des candidats a la selection a egalement ete analyse. Les resultats montrent qu’une methodologie equidistante, pour une densite superieure a 5K SNP, est adaptee pour obtenir de bons resultats d’imputation et une bonne precision d’evaluation genomique. Pour une densite superieure a 5K SNP, il est egalement possible d’utiliser les puces BD sans imputation. Les genotypages BD ont ensuite ete remplaces par des genotypages issus de methodes RAD-Seq par simulation. En fonction de l’enzyme de restriction utilisee, les etudes ont montre que les methodes RAD-Seq semblent etre une alternative interessante aux puces BD.