Optimisation de l’identification et du dénombrement du microphytoplancton avec le système couplé de numérisation et d’analyse d’images FlowCAM / ZooPhytoImage (système innovant). Action 9 – Livrable 2. Mise en oeuvre opérationnelle de l’outil FlowCAM-Zoo/PhytoImage dans le cadre de la surveillance REPHY. Résultats sur 12- 18 mois. Rapport final, février 2016

Ce livrable comprend plusieurs documents qui rendent compte de la mise en oeuvre operationnelle de l’outil FlowCAM / ZooPhytoImage dans le cadre de la surveillance REPHY. Parmi ces documents, trois rapports font un bilan sur l’annee 2015 entiere, ce qui n’est pas le cas des autres documents (rapport de Master 2 rendu au printemps 2015, et compte‐rendus de reunions reparties sur l’annee). Le present resume se bornera aux conclusions des trois rapports donnant une vision actualisee de cette mise en oeuvre de l’outil. Travaux realises en 2015 pour la mise en oeuvre operationnelle pour le REPHY. Les nombreuses numerisations realisees en 2015 avec les trois FlowCAM presents a Ifremer (Boulogne‐sur‐Mer, Nantes et Arcachon) ont permis, d'une part d'alimenter les sets d'apprentissage de l'outil couple FlowCAM‐Zoo/PhytoImage, d'autre part de tester son utilisation en routine. Le temps necessaire pour la numerisation de tous les echantillons d'eau collectes dans le cadre du Rephy Observation (37 points echantillonnes toutes les quinzaines) a ete evalue a 4,9 mois, il reste a chiffrer le temps de traitement des numerisations avec le logiciel Zoo/PhytoImage. Le travail de particularisation du set global vers des sets specifiques par facades maritimes distinctes Manche et Atlantique a ete poursuivi en 2015 afin d'ameliorer l'outil de reconnaissance. Le set d'apprentissage optimise pour l'Atlantique comprend desormais 7 388 images reparties dans 62 groupes avec un taux d'erreur globale de 26,3 %. Des perfectionnements sont encore possibles : en effet, les outils d'evaluation des performances de reconnaissance proposes par le logiciel Zoo/PhytoImage permettent d'identifier les actions a mener pour parfaire l'optimisation d'un set...