Quel cadre théorique et pratique pour l'utilisation de la sélection génomique dans l'amélioration génétique des chevaux ?

La selection genomique substitue a la connaissance de la genealogie celle des sequences d’ADN et connait un succes spectaculaire dans la selection des bovins laitiers. En equin, le gain de precision pour les valeurs genetiques en CSO a ete estime faible entre la genealogie et la genomique, eventuellement a cause des particularites des populations d’apprentissage et de validation. L’objectif est de definir pour les races equines les conditions d’efficacite et de fonctionnement de la selection genomique. La partie theorique de la these a consiste en une meta-analyse afin de comprendre le lien entre precision theorique et observee en fonction des parametres des populations. L’etude a montre l’importance du nombre efficace de marqueurs Me. Ce parametre specifique de la population, de la structure genomique et de la parente doit etre evalue, au meme titre que l’heritabilite en genetique classique. D’un point de vue pratique, la 1ere voie d’amelioration etait de rechercher des genes a effet majeur sur l’aptitude au concours de saut d’obstacles (CSO) ou au concours complet. Aucun gene majeur n’a ete localise malgre des detections significatives. Le 2nd levier pour ameliorer l’estimation des valeurs genetiques en CSO etait d’utiliser le Single-Step, methode qui combine l’information genomique des etalons genotypes et la genealogie de l’ensemble des chevaux non genotypes utilises pour l’indexation. L’evaluation pour le CSO a donc ete revisitee. Malgre le re-calcul de l’heritabilite et l’application des points sur toute la periode, le gain en precision reste faible. La selection genomique a egalement ete testee sur des chevaux d’endurance, mais comme pour le CSO les precisions obtenues pour le moment ne sont pas assez elevees pour justifier une utilisation de la selection genomique. Recemment, un gene majeur agissant sur l’aptitude a trotter (DMRT3) a ete identifie. Malgre l’effet tres negatif d’un allele sur la qualification et les performances precoces, le Trotteur francais (TF) est polymorphe pour le gene a cause d’un effet positif de ce meme allele sur les performances tardives. La selection classique et la selection genomique ont ete comparees en incluant ou non dans le modele un marqueur lie a DMRT3, nous permettant d’identifier la meilleure combinaison de modele et de methode a utiliser pour estimer les valeurs genetiques du TF. Enfin, le parametre Me a ete estime dans les populations de chevaux utilisees au cours de la these, et les resultats des evaluations genomiques ont ete compares en fonction de Me et des autres parametres influant sur la precision de la selection genomique. Deux nouveaux projets prevoyant de genotyper des chevaux de CSO d’une part et des TF d’autre part devraient permettre respectivement d’ameliorer la precision de l’evaluation genomique en CSO et de confirmer l’interet de la prise en compte de DMRT3 dans l’evaluation genomique des TF.