Estimasi Ukuran Populasi Efektif Sapi Bali Berdasarkan Data Genom

Sapi Bali (Bos javanicus) merupakan sapi lokal yang asli Indonesia, yang saat ini populasinya mencapai 32,3% secara nasional. Upaya pengembangan sapi Bali di Indonesia telah melewati sejarah panjang yang memungkinkan terjadinya pengaruh terhadap status genetiknya. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi status keragaman genetik sapi Bali dari sisi ukuran populasi efektif (Ne) dengan memanfaatkan teknologi genom. Data genom yang digunakan berjumlah 48 sampel yang berasal dari DNA 48 ekor sapi Bali di BPTU sapi Bali Denpasar yang diproses dengan menggunakan Illumina Bovine SNP50 v3 beadchip. Kontrol kualitas data dengan software PLINK dan estimasi Ne dikalkulasikan dengan menggunakan software R. Dari analisis diketahui bahwa dari 53.218 SNP pada beadchip, rata-rata callrate sebesar 97,8%. Nilai Ne populasi sapi Bali pernah mengalami penurunan yang sangat tajam dan naik kembali sejak 40 generasi yang lalu. Pada masa sekarang ini nilai Ne sapi Bali sebesar 151, lebih besar dari nilai minimum yang dipersyaratkan FAO agar suatu populasi terhindar dari kepunahan. Perlu upaya dan dukungan dari semua pihak guna mempertahankan status keragaman sapi Bali.