猪传染性胃肠炎病毒SCY株3′端8.5 kb片段的克隆及序列特征分析

根据GenBank的核酸序列，设计6对引物自TGEV SCY株中分别扩增了长为1．5kb、2．0kb、1．1kb、1．4kb、1．4kb、1．3kb的6个片段，经克隆测序拼接后获得8495bp的TGEV部分序列。根据与其他TGEV和冠状病毒的序列和结构特征比较表明，该段序列克隆了除TGEV聚合酶基因以外的S、M、N、E、NSP3a、NSP3b、ORF7共7个基因的核酸序列；根据S、M、N基因的序列构建了系统进化树，分析表明TGEV-SCY株与TS、HN2002、TO14、pudue等毒株亲缘关系较近；密码子偏爱性分析结果认为TGEV在对密码子的使用上存在轻微的偏向性，个别氨基酸偏向于选择以A和T结尾的密码子。