L’étude transcriptomique par mRNA sequencing des lésions cutanées de GVH chronique à type de lichen plan et de morphée identifie TREM1 comme cible thérapeutique dans le lichen plan

Introduction La reaction du greffon contre l’hote (GVH) est une complication majeure de l’allogreffe de cellules souches hematopoietiques, seule option curative de nombreuses hemopathies malignes. L’atteinte cutanee de la GVH chronique (cGVH) presente 2 formes : lichenoide, definie par une signature Th1/Th17 et sclerotique, avec une signature Th1. Malgre ces differents sous-types cliniques, l’indication du traitement de 1ere ligne par corticotherapie systemique se pose en fonction de la severite de l’atteinte cutanee. Nous avons realise un sequencage de l’ARN messager (mRNA-seq) des sous-types de lesions de cGVH : lichen plan (LP) et morphee (Mo). Une analyse bioinformatique approfondie des donnees est presentee dans ce travail. Materiel et methodes Les biopsies cutanees ont ete obtenues de 3 groupes de patients : temoins sains (n = 5), LP (n = 8) et Mo (n = 5) de cGVH. Le mRNA-seq a ete realise sur sequenceur Illumina HiSeq4000 selon la methode paired-end generant des « reads » de 2 × 101 paires de bases avec une profondeur de 50 millions de « reads ». L’alignement des « reads » sur le genome de reference humain a ete effectue par STAR et l’analyse d’expression differentielle de genes par DESeq2 utilisant le test de Wald pour comparer (p-value) et celui de Benjamini pour estimer le p-ajuste. Seuls les genes ayant un p-ajuste   1,3 ; voie predite activee si score z > 0). Resultats Ont ete mis en evidence 2945 et 1652 genes differentiellement exprimes (GDE) respectivement dans le LP et la Mo en comparaison a la peau saine avec une forte correlation dans leurs expressions (Spearman p = 0,736, p  Discussion Cette 1ere etude en mRNA-seq de cGVH cutanee suggere qu’un traitement adapte a la forme de cGVH est envisageable et que TREM1 pourrait etre une nouvelle cible therapeutique dans le LP de cGVH.