Prévalence des Gènes de Virulence d’Escherichia Coli au Cours des Gastroentérites Aigues chez les Enfants à Niamey

RESUME Objectif. La presente etude avait pour objectif de determiner la prevalence des genes de virulence d’Escherichia coli au cours des gastro-enterites aigues chez les enfants de moins de 5 ans. Materiels et Methodes. Nous avons mene une etude transversale prospective descriptive, de Novembre 2018 a Fevier 2019 au laboratoire de biologie de l’Hopital National de Niamey. Ont ete inclus tous les enfants de moins de 5 ans chez qui une coproculture a ete realisee. Les selles ont ete ensemencees sur la gelose EMB et l’identification d’E. coli a ete realisee avec les galeries API 10 S de Biomerieux®. Une PCR en uniplexe avec les differentes amorces ciblant les genes de virulence nous a permis de caracteriser les differents pathotypes. Resultats. Au total, 279 patients ont ete inclus. L’âge moyen des sujets etait de 18,36±12,4 mois. Nous avions observe une distribution E. coli plus ou moins constante en fonction de l’âge. Nous avons detecte quatre genes de virulence d’E. coli dans 55 echantillons des 279 patients inclus (19,7%). Les prevalences d'EPEC, d'EHEC, d'EAEC, d'EIEC etaient respectivement de 0,7%, 1,1%, 2,9% et 6,1%, tandis que celles des infections mixtes etaient de 6,8% pour EIEC+EAEC, 0,7% pour EIEC+EHEC, 0,4% pour EPEC+EIEC et 1,1% pour EPEC+EIEC+EAE. Aucune souche disposant d’ETEC et de DAEC n'a ete isolee. Conclusion. Cette etude nous a permis d’etablir la distribution des genes de virulence d’E. coli isoles chez les enfants de moins de 5 ans au cours des gastro-enterites a l’HNN. Au regard du taux de mortalite eleve lie aux diarrhees, il est necessaire de rendre systematique la recherche d’E coli devant toute gastro-enterite d’origine infectieuse. ABSTRACT Objective. The objective of our study was to determine the prevalence of Escherichia coli virulence genes during acute gastroenteritis in children less than 5 years of age. Methodology. We conducted a cross sectional descriptive prospective study from November 2018 to February 2019 in the biology laboratory of the Niamey National Hospital. All children aged 5 years or less  who had a coproculture were included. The stool was streaked on the EMB agar and identification of E. coli was produced with API 10 S galleries in Biomerieux®. A uniplex PCR with the different primers targeting the virulence genes allowed us to characterize the different pathotypes. Results. A total of 279 patients were included in our study. The mean age of the cohort was 18.36 ± 12.4 months. We had observed a more or less constant distribution of E. coli according to age. We had detected four virulence genes from E. coli in 55 samples of the 279 patients included (19.7%). Prevalence of EPEC, EHEC, EAEC, EIEC were 0.7%, 1.1%, 2.9% and 6.1%, respectively, while those of mixed infections were 6, 8% for EIEC + EAEC, 0.7% for EIEC + EHEC, 0.4% for EPEC + EIEC and 1.1% for EPEC + EIEC + EAE. No strain with ETEC and DAEC had been isolated. Conclusion. This study allowed us to establish the distribution of E. virulence genes. E coli isolated from children less than 5 years of age during NHN gastroenteritis. In view of the high mortality rate linked to diarrhea, it is more than necessary to make the search for E coli systematic in the face of any gastroenteritis of infectious origin.