Retrotransposons centroméricos (CRs) nos genomas de C. arabica e seus parentais

LTR-retrotransposons (LTR-RTs) sao abundantes nos genomas das plantas, sendo Gypsy e Copia os mais representativos. A regiao centromerica acumula diferentes arranjos de sequencias repetitivas, como DNA satelite e retrotransposons. Neste estudo foram triados LTR-RTs da linhagem CRM, baseado em dominios conservados da gag -POL nos genomas de Coffea canephora , C. eugenioides e C. arabica . Essas sequencias foram anotadas e comparadas para verificar a diversidade desses elementos nos tres genomas, e entender a dinâmica dos CRMs na formacao do hibrido. Adicionalmente, sondas foram preparadas para a localizacao fisica de CRM por FISH. Gypsy representou a maioria dos retrotransposons (>50%), sendo que dessa fracao, CRM representou ~20%. A comparacao dos dominios conservados da transcriptase reversa de CRM permitiu caracterizar dez grupos autonomos de retrotransposons centromericos de Coffea (CR Coffea ), com >99% de identidade. Esses foram chamados de A, B, C, D, E, F, G, H, X e Y. A comparacao da posicao dos dominios conservados, usando a analise grafica do Mauve, confirmou esses grupos. Exceto pelo grupo A, os demais CR Coffea nao apresentaram cromodominio, mas exibiram a cadeia poli-A e o CR motif . Apenas o grupo D em C. canephora e Y em C. arabica foram especie-especificos. A FISH com a sonda da transcriptase reversa de CRM mostrou sinais acumulados preferencialmente nas regioes proximais nos tres genomas. Contudo, C. eugenioides mostrou menos sinais intersticiais em relacao as outras duas especies. Os sinais de hibridizacao foram heterogeneos nas tres especies, com diferencas na intensidade dos sinais centromericos, distribuicao dispersa, alem de ausencia de sinais em alguns cromossomos. Em geral, os sinais de FISH foram colocalizados com a heterocromatina DAPI + , comum nas regioes proximais de C. canephora e C. arabica . Nossos resultados mostram que a linhagem CRM e diversa nos genomas de Coffea , seja do ponto de vista da estrutura do LTR-RTs de cada CR Coffea , como tambem da ocorrencia e distribuicao cariotipica, com sinais fora das regioes proximais, alem de diferencas nos tamanhos. Apesar dessa diversidade, os cromossomos com sinais proximais mais intensos observados em C. canephora e C. eugenioides , tambem foram vistos em C. arabica , o que fortalece a hipotese da origem desse hibrido.