Génotypage et épidémiologie moléculaire des entérovirus non poliomyélitiques

Les outils moleculaires et informatiques existent pour identifier sans ambiguite les enterovirus non poliomyelitiques dans un but taxonomique, diagnostique ou epidemiologique. Le genotypage des souches d’enterovirus effectue avec le gene de la proteine de capside VP1 remplace le typage par seroneutralisation et permet une identification precise des souches isolees en culture. En taxonomie virale, il montre la proche parente genetique de serotypes humains avec des enterovirus animaux et les rhinovirus classes dans un genre different de la famille des Picornaviridae. Effectue directement dans le liquide cephalorachidien, le genotypage des souches responsables de meningites peut etre realise de facon prospective, chez un plus grand nombre de patients, en 2 a 5 jours ; il peut contribuer a repondre sans delai a une alerte sanitaire. Une contribution recente de l’epidemiologie moleculaire des enterovirus concerne l’exploration de la diversite genetique des serotypes (genotypes, lignees), la description des modes de circulation et la transmission des virus variants a l’origine d’epidemies (echovirus 30, enterovirus 71). La prise en compte de caracteristiques epidemiologiques comme l’importation frequente de souches d’origines geographiques differentes plaide en faveur d’une generalisation du genotypage des enterovirus. Le genotypage permet aussi l’identification des souches recombinantes. La variation par recombinaison genetique homologue est essentielle au maintien de la diversite des enterovirus. La frequence des signatures moleculaires d’evenements de recombinaison chez les souches circulantes suggere des co-infections nombreuses pendant leur circulation dans la population generale. L’implication exacte de la recombinaison dans l’emergence des virus variants et l’epidemiologie des enterovirus est a explorer.