Déterminisme environnemental de la contamination par Escherichia coli des eaux et des biofilms d'un hydrosystème karstique.

Dans le but de caracteriser les conditions environnementales, hydrologiques et d’usage des sols, menant a la contamination d’un systeme karstique cette etude combine hydrogeologie et microbiologie environnementale. Les chroniques de temperature et d’hydrologie (pluviometrie, turbidite, conductivite) de l’hydrosysteme karstique de Norville (SO Karst) des 5 dernieres annees ont ete analysees pour trouver une correlation entre les conditions hydrologiques menant au ruissellement sur le bassin versant et la contamination par E. coli de l’hydrosysteme (eau et biofilms). Quinze campagnes de prelevement d’eau a l’entree (la perte) et la sortie (la source) du systeme et de biofilms ont ete realisees. La relation entre l’abondance et la diversite genetique (distribution des phylogroupes) des populations de E. coli circulant dans l’hydrosysteme et les conditions hydrologiques et d’usage des sols a ete etudiee. Un indicateur de contamination des eaux par E. coli (IndiCE) base sur l’enregistrement de la temperature et la pluviometrie et correle avec la contamination d’eau de surface et sous terraine par E. coli d’un hydrosysteme karstique, simple d’utilisation est propose. Le role de reservoir de pathogene des biofilms karstiques, responsable de contamination secondaire, a ete etudie en suivant l’occurrence de E. coli et des integrons de classe 1 dans des biofilms formes a la source de l’hydrosysteme karstique de Norville.Il a ete montre en chemostat la capacite de E. coli a former des biofilms sur la craie en condition oligotrophique. In situ E. coli et les integrons de classe 1 peuvent s’associer a des biofilms autochtones sous forme cultivable transitoirement. L’ensemble de ces travaux de these a permis de mieux comprendre la dynamique de la contamination par E. coli des hydrosystemes karstiques, dans l’eau et les biofilms.