Analyse des effets des systèmes de culture sur la flore fongique de l'épi de blé par une approche métagénomique

Les niveaux de contamination par les mycotoxines fusariennes des grains de ble dependent des systemes de culture. Neanmoins, il reste difficile de comprendre les differences de contamination entre parcelles en se fondant uniquement sur l'analyse de la flore responsable de la fusariose des epis, c'est-a-dire les especes de Fusarium et de Microdochium. Une hypothese est que la production de toxines sur les epis d'une parcelle depend de l'ensemble de la flore presente sur les epis, les relations entre especes de la communaute jouant a la fois sur les especes presentes et sur leur production de metabolites. Une analyse a ete realisee sur trois traitements experimentaux d'un essai de longue duree situe a Versailles sur des epis de ble de la recolte 2004. L'objectif etait d'analyser sur ces trois systemes (biologique, integre, sans travail du sol avec couverture permanente) les differences de flore entre systemes par une analyse metagenomique. Les resultats montrent que les communautes de champignons presents sur les epis de ble issus de differents systemes de culture se distinguent de maniere nette, alors qu'il y a peu de difference entre repetitions pour un meme systeme. Les donnees dont on dispose ne permettent pas d'etablir de relation de cause a effet entre les differences observees ici et les differences de contamination par les mycotoxines entre systemes sur le meme dispositif pour d'autres annees culturales. En revanche, les resultats rendent plausibles un effet differentiel selon les systemes de culture de l'ensemble de la communaute de champignons sur la production de mycotoxines par les Fusarium. Ces premiers resultats ouvrent la porte a une analyse plus fine des communautes microbiennes des grains de ble, dont la caracterisation constitue certainement une des cles pour une meilleure comprehension des niveaux de contamination variables obtenus sur les parcelles agricoles.