PEMODELAN STRUKTUR 3-DIMENSI ENZIM β-XILOSIDASE (D121N DAN D139N) DENGAN METODE HOMOLOGI DAN THREADING SERTA DOCKING MENGGUNAKAN SUBSTRAT p-NITROPHENYL-XYLOPIRANOSIDE

Pengaruh mutasi terhadap struktur 3D enzim dapat diketahui secara in silico melalui pemodelan struktur 3D enzim. Penelitian ini bertujuan memodelkan struktur 3-dimensi dari enzim β-xilosidase IT-08 dan mutan (D121N dan D139N), sehingga dapat diketahui pengaruh mutasi terhadap struktur 3D dan kompleks enzim-substrat p-NP-X melalui docking. Pemodelan yang dilakukan menggunakan metode homologi dan threading dan dipilih model terbaik, yaitu menggunakan metode homologi dengan multiple template. Cetakan 1YRZ dan 2EXH digunakan untuk pemodelan enzim β-xilosidase IT-08 dan mutan (D121N dan D139N) menggunakan Easy Modeller. Kualitas model dievaluasi menggunakan PROCHECK melalui plot Ramachandran. Pada pemodelan ini dapat diketahui pengaruh mutasi D121N dan D139N terhadap struktur enzim β- xilosidase IT-08 yang dilakukan melalui superimpose menggunakan SUPERPOSE yang dianalisis menggunakan PyMol. Kompleks enzim-substrat juga dapat diketahui dengan docking menggunakan Autodock4 dan Autodock vina yang masing-masing dianalisis menggunakan Autodock tools dan PyMol. Hasil mode terbaik menggunakan cetakan 2EXH dan 1YRZ untuk pemodelan enzim β- xilosidase IT-08 dan mutan (D121N dan D139N). Hasil superimpose menunjukkan adanya perubahan struktur 3D melalui nilai RMSD. Hasil docking menunjukkan model kompleks enzim-substrat p-NP-X, energi bebas pengikatan, interaksi ikatan hydrogen dan interaksi Van Der Waals-elektrostatik.