Co-infection et surinfection bactérienne chez les patients hospitalisés pour COVID-19: une étude rétrospective monocentrique

Introduction Durant la pandemie de COVID-19, la prescription d’antibiotique a ete importante. Cependant, les surinfections et co-infections bacteriennes associees aux coronavirus sont peu decrites, et concernent principalement les patients de soins intensifs. Materiels et methodes Une etude observationnelle retrospective monocentrique a ete menee dans notre CHU du 26/02/2020 au 22/04/2020. Ont ete inclus tous les patients hospitalises pour une COVID-19 (PCR respiratoire positive a SARS-CoV-2 ou atteinte scannographique compatible) hors service de reanimation et presentant une infection bacterienne documentee par un prelevement bacteriologique positif parmi: prelevement respiratoire (ECBC, aspiration bronchique, LBA), hemoculture, antigenurie legionnelle ou pneumocoque, ou PCR nasopharyngee (Bordetella pertussis, Mycoplasma pneumoniae et legionnelle). Les donnees bacteriologiques ont ete obtenues par les laboratoires de bacteriologie et virologie et les donnees cliniques recueillies a partir du dossier medical des patients. Resultats Au total, 2710 prelevements ont ete realises chez 778 patients hospitalises: 957 hemocultures, 169 ECBC, 3 aspirations bronchiques, 2 LBA, 537 PCR nasopharyngees, 517 antigenuries legionnelle et 525 antigenuries pneumocoque. Quarante et un prelevements etaient positifs (1,5 %) dont quatorze ont ete consideres comme une colonisation par les cliniciens. Vingt neuf prelevements positifs (1,1 %) ont ete consideres comme pathogenes chez 27 patients (3,5 %): 15 ECBC, 2 aspirations bronchiques, 1 LBA, 7 hemocultures, 2 antigenuries et 4 PCR nasopharyngees. Parmi les 27 patients, 18 (66,7 %) avaient des comorbidites dont 10 (37 %) une pathologie respiratoire chronique. Huit patients (29,6 %) etaient sous traitement immunosuppresseur au long cours et 15 (55,6 %) ont recu des corticoides ou autres traitements immunomodulateurs pour la COVID-19. Le delais entre l’apparition des symptomes de COVID-19 et la survenue de la surinfection bacterienne etait en moyenne de 11 jours. Les arguments en faveur d’une surinfection etaient l’augmentation des besoins en oxygene (n = 22, 81,5 %), la toux expectorante (n= 20, 74,0 %) ou la modification de la toux (n = 5, 18,5 %) et la presence de fievre (n= 5, 18,5 %). Un patient avait un tableau de sepsis. Les pathogenes les plus frequemment retrouves netaient: Pseudomonas aeruginosa (n = 8, 29,6 %), Staphylococcus aureus (n = 5, 18,5 %), Streptococcus pneumoniae (n = 4, 14,8 %) et Enterococcus faecalis (n = 3, 11,1 %). Quatre patients (0,5 %) avaient une co-infection a bacterie intracellulaire: 2 a Bordetella pertussis et 2 a Mycoplasma pneumoniae. Aucune antigenurie legionnelle n’est revenue positive. Conclusion Le taux de surinfections et de co-infections bacteriennes dans la COVID-19 semble faible. Ce faible taux est en faveur d’une utilisation limitee des antibiotiques dans la prise en charge de la COVID-19.