Análisis filogenético y estructural de factores transcripcionales de Escherichia coli de función desconocida

Todos los seres vivos tienen mecanismos moleculares que les permiten percibir lo que ocurre en el exterior de sus tejidos, celulas o individuos. Las bacterias no son la excepcion, tienen el enorme reto de contender con condiciones cambiantes del medio ambiente y que requieren responder de manera precisa y rapida para poder adaptarse al medio ambiente y sobrevivir. El principal mecanismo de respuesta caracterizado en bacterias es modificar los patrones de expresion genica en respuesta a estimulos ambientales, esto se logra por la activacion o represion diferencial de genes. Los factores transcripcionales son proteinas que regulan el uso de un numero limitado de RNA polimerasas celulares. Estos factores permiten reconocer secuencias especificas en el DNA (secuencias blanco) que estan cerca del promotor de genes necesarios para dar una respuesta eficiente ante un estimulo ambiental. En el genoma de la bacteria enterica Escherichia coli, se han identificado 58 marcos de lectura con una homologia suficiente para identificarlos como factores transcripcionales, y que su funcion biologica sigue sin ser caracterizada experimentalmente. Algunos tienen aparentemente un origen viral (bacteriofagos). Las herramientas bioinformaticas permiten hacer analisis que pueden derivar en hipotesis comprobables del origen, evolucion y funcion de proteinas de funcion desconocida. Por tanto, en este trabajo se pretende analizar 58 factores transcripcionales de funcion desconocida usando herramientas computacionales y plantear una hipotesis evolutiva de estos y su distribucion en otras bacterias. Los resultados obtenidos sugieren que, de los 58 factores, una proporcion importante de estos tienen secuencias comunes que son independientes de la familia a la que potencialmente se les puede asignar. El analisis de su posicion genomica sugiere que muchos de estos fueron adquiridos por algun mecanismo de transferencia horizontal y que esto pudo ser parte de la evolucion tardia del genoma de E. coli, permitiendo tener un grupo de factores transcripcionales que en alguna condicion especial seran funcionales. En general, tenemos un grupo de factores que comparten caracteristicas de secuencia, posible estructura y quiza puedan tener funciones en el curso evolutivo de E. coli.