Étude de la flore bactérienne et de sa résistance aux antibiotiques des produits de la pêche et de l'aquaculture

La resistance aux antibiotiques est un enjeu de sante publique mondiale. L'alimentation est une des voies de contamination des bacteries resistantes aux antibiotiques entre l'environnement et l'Homme. Toutefois, les donnees concernant les bacteries resistantes aux antibiotiques dans les produits aquatiques sont rares. L'objectif de ces travaux a ete d'etudier la flore bacterienne et sa resistance aux antibiotiques dans les produits de la peche et de l'aquaculture. Dans un premier temps, la flore bacterienne mesophile cultivable a ete isolee de 9 matrices differentes puis identifiee par la technique MALDI-TOF et/ou du sequencage de differents genes de menage. Au final, 1882 isolats bacteriens ont ete obtenus, et 150 especes et 57 genres bacteriens ont ete identifies. Dans un deuxieme temps, nous avons etudie la resistance aux antibiotiques des genres bacteriens les plus frequemment isoles de ces produits. La resistance aux antibiotiques des genres Enterococcus, Staphylococcus, Exiguobacterium, Pseudomonas, Vibrio et Proteus a donc ete etudiee. Au total, 46% des isolats etaient resistants aux antibiotiques et 3% etaient multi-resistants. Les crevettes etaient le produit dans lequel le plus de souches resistantes aux antibiotiques ont ete identifiee. Et dans un troisieme temps, la resistance aux antibiotiques d'une collection de souche de Vibrio parahaemolyticus, espece bacterienne pathogene alimentaire pour l'homme, a ete etudiee. Concernant V. parahaemolyticus, 15% des souches etaient resistantes et 3% des souches etaient multi-resistantes. Une souche, 16-B3PA-006, isolees de crevettes importees d'Asie du Sud-Est produisait une carbapenemase NDM-1 et etait resistante a 5 classes d'antibiotiques.