Exploration et inférence du réseau de régulation de la transcription de la bactérie symbiotique intracellulaire à génome réduit Buchnera aphidicola

Cette these est une etude systemique de la regulation de la transcription des genes de la bacterie Buchnera aphidicola vivant en symbiose intracellulaire obligatoire avec le puceron du pois, Acyrthosiphon pisum. Plusieurs etudes experimentales anterieures sur ce modele de symbiose attestent d'une part que la bacterie fournit a son hote le complement nutritionnel qu'il ne trouve pas dans son alimentation, et d'autre part, que la bacterie adapte cette fourniture aux variations de la demande de son hote, les mecanismes impliques dans cette regulation demeurant relativement obscurs. Nous avons structure notre analyse de la regulation de la transcription chez Buchnera en quatre parties. La premiere dresse l'inventaire de la machinerie transcriptionnelle de Buchnera. La deuxieme partie analyse l'architecture genomique de Buchnera, i.e. l'organisation et l'evolution de sa carte operonique. Pour cette etude, nous avons ete amenes a developper une methode bayesienne de prediction d'operons adaptee a Buchnera, ce qui nous a permis de proposer une nouvelle carte operonique de la bacterie. La troisieme partie porte sur les proprietes structurelles sequence-dependantes du chromosome de Buchnera. Les resultats obtenus a l'Issue de cette approche ascendante, nous ont amene a construire un premier modele de reseau de la regulation transcriptionnelle chez Buchnera. Enfin, la quatrieme partie est un travail de modelisation suivant une approche descendante. Il s'agit du developpement d'une methode d'inference de reseau de regulation a partir de donnees d'expression que nous avons appelee IGOIM. Cette methode a ete validee sur des jeux de donnees simulees et de la litterature.