Dynamique de la colonisation et émergence de microorganismes résistants au sein des flores commensales d'une population amérindienne vivant isolée en Guyane Française

La these aborde le theme de la dynamique de colonisation par des microorganismes cibles et de l'emergence de resistances en s'appuyant sur un projet mene au sein d'une population Amerindienne entre 2006 et 2010. Une 1ere etude analyse la dynamique de la colonisation intestinale par les levures et trouve un profil de colonisation inattendu. La prevalence de portage etait elevee et une majorite de porteurs etaient colonises par des levures de l'environnement tandis que Candida albicans etait rare. Ces resultats remettent en cause la place de C. Albicans comme commensal « normal » de l'etre humain. Un 2nd travail etudie la colonisation intestinale par des enterobacteries porteuses de s-lactamases a spectre etendu (E-BLSE). Le taux de portage etait de 8% vs. 3% en 2000. Cette augmentation coincidait avec la multiplication par 3 de la consommation de s-lactamines, ce qui montre que l'association entre le portage d'E-BLSE communautaire et la consommation antibiotique. Un troisieme travail etudie la dynamique de la colonisation nasale par Staphylococcus aureus. Une forte prevalence associee a un taux de portage persistant modere a ete observee. Aucun facteur epidemiologique n'etait associe au portage, alors que 3 facteurs genetiques l'etaient. Ces resultats incitent a reconsiderer la place des determinants genetiques dans la colonisation par S. Aureus. Le 4eme travail etudie le portage nasal de staphylocoques a coagulase negative resistants a la meticilline (SCN-MR). Le taux de portage etait eleve et une grande diversite d'associations du complexe des genes ccr et mec a ete trouvee, ce qui met en evidence le role des SCN-MR nasaux dans l'evolution genetique des cassettes SCCmec.