Intérêt d’un prétraitement par PMA dans l’analyse du microbiote pro- et eucaryotique pulmonaire

Introduction Le pretraitement par propidium monoazide (PMA) est utilise combine aux methodes de PCR, pour la detection selective des pathogenes viables. Quelques etudes ont montre qu’un pretraitement par PMA influait sur les profils des communautes bacteriennes obtenues par sequencage haut-debit (SHT), ce qui presente un interet dans les approches bio-cliniques du SHT. Dans ce contexte, notre etude vise a determiner si un traitement par PMA des echantillons humains couple a leur analyse par SHT donnerait une image plus tangible du microbiote pulmonaire fongique et bacterien de patients atteints de mucoviscidose, et par consequent refleterait mieux l’etat clinique des patients. Materiels et methodes Nous avons compare les donnees obtenues par SHT des microbiotes fongiques et bacteriens de 15 expectorations de patients atteints de mucoviscidose. Pour chaque echantillon, la technique Ion Torrent a ete utilisee sur l’ADN ayant eu ou non un traitement prealable par PMA. L’analyse des donnees a ete realisee via les logiciels R et Past3. Resultats et discussion Si le pretraitement par PMA ne semble pas avoir d’effet significatif sur l’ensemble des communautes fongiques et bacteriennes. Cette etape influence la communaute bacterienne de la biosphere rare (espece representee a moins de 1 % en abondance [OTU] relative) notamment lors de l’analyse de la biodiversite alpha. En ce qui concerne les donnees de mycobiomes, nous n’avons pas observe de difference significative entre les echantillons traites par PMA et non traites. Compte tenu de la lourdeur d’un tel protocole (pretraitement par PMA couple au SHT) et de l’importance demontree de la biosphere rare dans la stabilite d’une flore, son interet potentiel est discute dans le contexte du suivi des patients atteints de mucoviscidose. D’autres etudes utilisant le pretraitement par PMA seront necessaires pour ameliorer nos connaissances « omiques » et mieux determiner le place et/ou l’interet d’un tel protocole.