基于de novo高通量测序的曼氏无针乌贼( Sepiella japonica )ESTs中微卫星位点筛选与特征分析

对均一化转录组测序获得的47604个曼氏无针乌贼的微卫星序列进行分析，结果表明，乌贼转录组中微卫星位点丰富，每1402nt的EST中就有一段不小于12nt长度的微卫星序列。单碱基重复是EST微卫星序列的主要形式（38.69%），其次依次为三碱基（31.14%）、二碱基（26.35%）、四碱基（3.29%）、五碱基（0.38%）、六碱基（0.14%）重复，短序列类型占微卫星总量的96.18%。同碱基类型的微卫星序列组成又存在差异，AC（54.51%）和AG（31.22%）是最常见的二碱基重复序列；而AGC（16.37%）和AAC（14.06%）是最常见的三碱基重复序列。通过引物设计和体系优化，共筛选到了24对多态性微卫星位点，对来自福建漳州海域的35只野生曼氏无针乌贼（ Sepiella japonica ）个体进行群体遗传学检测，结果表明，每个位点检测到的等位基因数3-10个不等（均值5.9个）；平均杂合度观测值（ H o ）和期望值（ H e ）分别为0.518和0.681。除2个位点外所有位点的多态信息含量（PIC）都大于0.5。Hardy-Weinberg平衡检测表明，仅4个位点有显著偏离（ P < 0.05），未检测到连锁不平衡现象。这表明转录组高通量测序技术适于乌贼微卫星位点的开发，获得的SSR标记可用于今后乌贼资源遗传评估和科学有效管理过程。