Contribution à l’étude de l’évolution des génomes de champignons ectomycorhiziens du genre Tuber (Pézizomycètes) par génomique comparative

Les truffes sont des champignons ectomycorhiziens du genre Tuber, au sein des Pezizomycetes, vivant en symbiose avec de nombreux arbres et arbustes. Parmi les Pezizomycetes se retrouvent des especes saprotrophes, pathogenes et symbiotiques ainsi que des champignons tres connus comme les truffes et les morilles. Malgre leur interet, la structure et l'evolution des genomes des champignons de la classe des Pezizomycetes est encore mal connue. Les objectifs de ma these etaient de caracteriser la structure et l'evolution des genomes de Truffes et d'autres Pezizomycetes. Une analyse de genomique comparative entre huit genomes de Pezizomycetes, dont trois de truffes, a montre que l'expansion de la taille des genomes des truffes, due principalement aux retrotransposons gypsy, a probablement eu lieu chez l'ancetre commun des Tuberaceae il y a environ 150 millions d'annees. Ensuite, une reduction de leur contenu en genes, et principalement en enzymes degradant la paroi vegetale, a eu lieu chez l'ancetre des Tuber il y a environ 100 millions d'annees. Des convergences et des divergences evolutives ont ete mise en evidence entre les champignons ectomycorhiziens basidiomycetes et les truffes. Une analyse de genomique comparative au sein de l'espece T. melanosporum a quant a elle permis de caracteriser une ressource de plus de 400000 polymorphismes et de mettre en evidence des traces de selection. Enfin une analyse plus detaillee des retrotransposons gypsy presents dans le genome de T. melanosporum a montre que leur colonisation du genome est ancienne. Certains elements semblent toutefois avoir transpose recemment suggerant que les retrotransposons gypsy peuvent continuer de jouer un role dans l'evolution du genome de T. melanosporum