Analyse du transcriptome du champignon Magnaporthe oryzae et d'une bactérie du genre Burkholderia mis en confrontation in vitro

La plante heberge de nombreux microorganismes commensaux ou pathogenes, au niveau de la phyllosphere ou de la rhizosphere. Ces microorganismes interagissent avec la plante mais aussi entre eux. Les interactions negatives entre micro-organismes, ou antibiose, pourraient etre utilises en lutte biologique. Differents mecanismes d'action chez des bacteries capables d'inhiber la croissance de champignons ont ete decrits, soit directs (se- cretion d'antibiotiques, d'enzymes extracellulaires ou d'autres molecules antifongiques), soit indirects (competition interspecifique pour les nutriments, induction d'une resistance systemique). Ce projet vise a etudier, par une approche de co-transcriptome, l'action antagoniste (demontree in vitro) de la bacterie Burkholderia gladiolii (Bg) regulierement trouvee dans la phyllosph ere du riz, sur le champignon phytopathogene Magnaporthe oryzae (Mo) responsable de la pyriculariose du riz. Nous avons extrait les ARN totaux de Mo et de Bg apres 3 jours de confrontation en boite de Petri, en comparaison de situations temoins (cultures seules des deux organismes). Ces transcriptomes vont etre sequences avec la technique RNAseq. Nous allons comparer le transcriptome de chaque condition (temoin et confrontation). Ceci nous permettra de determiner les genes bacteriens differentiellement exprimes au cours de l'antibiose. Les candidats possibles incluent les systemes de secretion, les voies de synthese des enzymes chitinolytiques, ou du metabolisme secondaire. Nous determinerons egalement les genes fongiques impliques dans la perception et la reponse a la presence de la bacterie. Les candidats possibles incluent les genes du metabolisme des glucides, de la reponse au stress, des oxydoreductases, les genes impliques dans la reconnaissance du soi, et des cascades de signalisation des champignons. Les resultats de ce travail pourront contribuer a l'elaboration de methodes de biocontrole pour aider a reduire l'utilisation des produits phytosanitaires sur le riz. (Resume d'auteur)