Cloning and Nucleotide Analysis of a Mannanase Gene from Bacillus sp. GA2(1)

บทคดยอ งานวจยนศกษายนแมนนาเนสจาก Bacillus sp. GA2(1) ทคดแยกไดจากบรเวณทมการทงกากถวเหลองในจงหวดขอนแกน ประเทศไทย โดยออกแบบคไพรเมอรทจำเพาะตอปลายดาน 5’ และ 3’ ของยนแมน นาเนสจากแบคทเรยสายพนธใกลเคยงทมการรายงานลำดบนวคลโอไทดในฐานขอมล GenBank เพอนำมาเพม ปรมาณยนดวยปฏกรยาลกโซพอลเมอเรสและใชจโนมกดเอนเอเปนดเอนเอแมแบบ จากการศกษาพบวายนแมนนาเนสมขนาดประมาณ 1,100 คเบส เมอแปลลำดบนวคลโอไทดทไดเปนลำดบกรดอะมโน และวเคราะหผลดวยโปรแกรม ProtParam พบวาแมนนาเนสจาก Bacillus sp. GA2(1) ชนดนมมวลโมเลกลเทากบ 42.08 กโลดาลตน และมคา pI เทากบ 6.04 และจากการวเคราะหโครงสรางของเอนไซมดวยโปรแกรม PROSITE และ InterPro พบวารคอมบแนนทแมนนาเนสนจดอยในกลม glycosyl hydrolases สกล 26 (GH26) ซงมสมบตเปน mannan endo-1,4-beta-mannosidase ทสามารถไฮโดรไลซ (1->4)-beta-D-mannosidic linkagesในแมนแนนและกาแลคโตแมนแนนได คำสำคญ: Bacillus sp. ยนแมนนาเนส Glycosyl hydrolases 26 ABSTRACT We studied a mannanase gene from  Bacillus sp. GA2(1) isolated from soybean meal in Khon Kaen province, Thailand. A pair of primers was designed from 5 ’ and 3 ’ end of mannanase genes of closely related species in which the nucleotide sequences were available in the GenBank database. The polymerase chain reaction was then carried out using genomic DNA as a template. The PCR product with the size of approximately 1,100 base pairs was obtained and submitted for sequencing. Using ProtParam program, the predicted Mw of the mannanase from  Bacillus sp. GA2(1) was 42.08 kDa with the pI value of 6.04. Structural prediction by PROSITE and InterPro program suggested that this mannanase belonged to glycosyl hydrolases family 26 (GH26). The members of this enzyme family possessed mannan endo-1,4-beta-mannosidase activity in that they were able to hydrolyze (1®4)-beta-D-mannosidic linkages in mannans and galactomannans. Keyword: Bacillus sp., mannanase gene, Glycosyl hydrolases 26