Identificação in silico de pequenos RNAs não codificantes em genoma de Proteus mirabilis uropatogênico

O trato urinario representa um sitio frequente de infeccoes tanto em pacientes da comunidade como em pacientes internados em unidades hospitalares. A infeccao do trato urinario (ITU) caracteriza-se pela multiplicacao da bacteria em qualquer parte deste local, seja nos rins, ureteres, bexiga ou uretra. A infeccao do trato urinario associada a cateter (ITU-CA) e a infeccao nosocomial mais comum dentre todas, e representa mais de 80% das ITU nosocomiais. Proteus mirabilis, uma bacteria Gram-negativa, nao e um comum causador de ITU em pacientes normais, sendo mais relacionado a ITU complicada, principalmente a ITU-CA. P. mirabilis possui dezenas de genomas sequenciados cujo tamanho varia de 3 a 5 Mb. Pequenos RNAs (sRNAs) sao sequencias curtas de RNA que regulam a expressao genica. Estas moleculas atuam atraves do seu pareamento com sequencias alvo por meio de complementaridade especifica ou parcial de bases. Em procariotos os sRNAs desempenham papeis fundamentais em redes reguladoras de expressao nas respostas a estimulos ambientais, inclusive em bacterias patogenicas. A abordagem computacional e considerada uma das mais eficientes para localizacao de candidatos a sRNAs em sequencias de genomas. Podendo ser dividida de acordo com o metodo de busca utilizado; dentre os quais, podem ser citados os que procuram estruturas secundarias consensuais; os que efetuam na busca por sinais de transcricao raros; e os que aplicam genomica comparativa e ab initio. Diante disso, este trabalho realizou a identificacao e caracterizacao de pequenos RNAs nao-codificantes no genoma de P. mirabilis por meio de analises de bioinformatica (in silico). Em suma, os candidatos a sRNA do genoma da cepa P. mirabilis HI4320 foram preditos utilizando-se os programas INFERNAL/Rfam e nocoRNAc. Apos uma analise manual dos resultados de anotacao, foram considerados um total de 29 sRNA. Em geral, os tamanhos variaram de 41 a 505 nucleotideos, com media de 273 nucleotideos, sendo que oito tem anotacao funcional relacionados com descrito na literatura. Por exemplo, seis ja foram descritos em Escherichia coli e duas em Lactococcus lactis. Em relacao as familias, quatro sao cis-regulatorios e quatro sao sRNA, sendo que todos se localizam no cromossomo bacteriano. Quanto a funcao, todos estao envolvidos na regulacao da expressao de proteinas de vias metabolicas de procariotos. Portanto, estes resultados sao ineditos e podem contribuir no conhecimento da regulacao da expressao genica deste uropatogeno. Para que estas moleculas deixem de ser somente preditas uma futura validacao experimental in vitro torna-se necessaria bem como a busca pelos seus salvos e o entendimento de suas funcoes regulatorias.