Identification des sources de contamination fécales en milieu côtier (IDFEC) - Validation d’une base de données de Microbial Source Tracking pour le bassin d’Arcachon

Une approche de Microbial Source Tracking dite culture- et collection-dependante a ete developpee pendant 1 an pour faciliter l’identification des sources de pollution en cas d’episode de contamination fecale dans le bassin d’Arcachon (Gironde, France). Cette approche repose sur la comparaison d’une collection dite « environnementale » de genotypes obtenus dans des echantillons d’eau ou de sediment avec une collection dite « de reference » de genotypes provenant de matieres fecales d’origine connue (par exemple homme, animaux domestiques ou faune sauvage). La methode d’analyse consiste en l’isolement par culture sur milieu selectif d’indicateurs bacteriens de contamination fecale ( Escherichia coli et enterocoques fecaux) suivi d’un genotypage par Enterobacterial Repetitive Intragenic PCR (ERIC-PCR). Les caracteristiques genotypiques de chaque souche sont repertories dans une base de donnees.Pour E. coli , la base de donnees est constituee de 6 263 isolats obtenus a partir d’echantillons d’eau de mer ( n = 159), de sediments ( n = 119) et de feces d’animaux ou d’echantillons provenant de station d’epuration ( n = 169). La collection environnementale (3 565 isolats) contient 625 genotypes distinct dont 184, seulement, sont communs avec la collection de reference (2 698 isolats). Pour les enterocoques fecaux, elle est constituee de 3 941 isolats obtenus a partir d’echantillons d’eaux de mer ( n = 83), sediments ( n = 59) et feces d’animaux ou station d’epuration ( n = 128). La collection environnementale (2 013 isolats) represente 505 genotypes distincts dont seulement 137 sont communs avec la collection de reference (1 928 isolats). Seuls 29 % des 625 genotypes d’ E. coli et 27 % des 505 genotypes d’enterocoques fecaux etaient communs aux deux collections.L’analyse comparee des deux collections montre qu’une forte proportion de genotypes de la collection environnementale, 71 % pour E. coli et 73 % pour les enterocoques fecaux, n’ont ete detectes que dans l’eau ou les sediments. Cela peut suggerer l’existence d’une forte proportion de souches naturalisees.Des taux de classification correcte (ARCC) tres satisfaisants ont ete obtenus pour E. coli (65,2 %) et pour les enterocoques fecaux (ARCC = 88,7 %). De plus, nous avons pu confirmer l’origine aviaire d’une forte proportion d’isolats recueillis dans l’eau et les sediments d’un etang regulierement frequente par des canards colverts et des foulques macroules. Les valeurs d’ARCC et les resultants obtenus sur un site test valident la base de donnees constituee.