水杉核糖体蛋白基因 MG-RPS6 的生物信息学分析

水杉 ( Metasequoia glyptostroboides ) 是中国著名的杉科孑遗植物。近些年来，对水杉的生态习性、病虫害防治和生物活性的研究已经取得了一定的成果，但是在分子水平的相关研究还很少。本研究以水杉原生种为植物材料，从三代测序的全长转录组文库中克隆了一个核糖体蛋白基因 ( MG - RPS6 ) 。对 MG - RPS6 基因进行生物信息学分析，结果显示：该基因的全长 cDNA 为 1 365 bp ，分子量为 423.20 kD ，编码氨基酸数量为 251 个，编码蛋白为核糖体蛋白 S6 ；该蛋白的分子量为 28 609.46 kD ，等电点为 10.76 ，总平均吸水值为- 0.847 ，不稳定指数为 47.21 ；该蛋白含有 20 个常见功能位点，有 28 个磷酸化位点，含有典型的核糖体蛋白 S6e 结构域；二级结构包括 8 个折叠区、 3 个螺旋区和一些无规则卷曲区；三级结构分析结果进一步证实本研究克隆的基因为真核生物核糖体蛋白 S6 基因；通过构建系统进化树，证实水杉和日本柳杉具有较近的亲缘关系。本实验结果可以为水杉及其它物种的核糖体蛋白基因的结构和功能研究提供参考。