Développement d'outils biostatistiques pour l'analyse de biopuces en cancérologie

Les biopuces representent une des technologies emergeant en genomique depuis ces dix dernieres annees promettant de nouvelles avancees dans le diagnostic moleculaire et la recherche biomedicale en general. L'analyse de donnees issues des biopuces pose encore de nombreux problemes et le developpement de nouvelles methodes statistiques robustes est necessaire. L'orientation essentielle de cette these est de proposer une procedure d'analyse utilisant les methodes liees a l'evaluation diagnostique pour determiner les genes impliques dans les mecanismes a etudier. Des indices tels que l'aire totale ou partielle sous la courbe ROC permettront d'identifier des genes capables soit de discriminer globalement les deux populations, soit de detecter plus specifiquement l'une d'entre elles. Dans un premier temps, une etude precise des differents indices lies aux courbes ROC ainsi que des procedures d'estimation des variances a ete realisee. Ensuite, nous avons developpe un nouvel estimateur de l'aire partielle base sur la methode non-parametrique du noyau. Une etude de simulation a montre la superiorite de celui-ci sur l'estimateur empirique classique quand les distributions des resultats des tests sont issues de distributions melangees. Enfin, l'application et l'utilisation de la methodologie developpee ont ete mises en oeuvre sur les donnees du programme REG/P, dont l'objectif principal etait d'identifier des genes marqueurs ou effecteurs de la chimioresistance dans les cancers colorectaux. Une signature predictive de la reponse au schema Folfiri a pu etre determinee et une etude de validation sur une cohorte de patients independants est actuellement initiee.