Pyroséquençage pour le développement d'EST et de SNP aviaires

Le but du programme est de combler les deficits en marqueurs observes pour trois especes aviaires : la caille, le canard et la poule. La strategie choisie est l'obtention, a partir de plusieurs individus de lignees d'interet, de SNP (Single Nucleotide Polymorphism, polymorphisme d'un nucleotide) par une nouvelle technologie de sequencage a haut debit (sequenceur 454 GS-FLX, Roche). Nous sequencons des representations reduites du genome, en selectionnant d'une part des fragments de restriction d'ADN genomique - les memes chez tous les individus - et d'autre part les transcrits qui representent globalement la partie du genome correspondant aux genes exprimes. Ces experimentations sont realisees a partir d'echantillons d'ADN ou d'ARN issus d'individus de lignees a l'origine de croisements existants, pour chacune des trois especes. Les donnees generees par plusieurs "runs" de sequence seront traitees in silico : contigage a haut debit, recherche de SNP, comparaison avec les banques de sequences connues...En plus de l'interet que represente la production d'un tres grand nombre de SNP nouveaux, cette technologie devrait permettre de mieux sequencer les regions riches en (G+C) correspondant aux plus petits des microchromosomes pour lesquels il n'y a pas de sequence chez la poule. La comparaison des sequences des transcrits obtenues chez la caille et le canard avec la sequence du genome de la poule permettra d'etablir une "cartographie virtuelle" des SNP obtenus, grâce a la grande conservation de syntenie existant entre ces trois especes.