Kompletní genomová sekvence Treponema pallidum subsp. pallidum kmene Mexico A

Treponema pallidum ssp. pallidum je původcem syfilis. O mechanismech patogeneze a faktorech virulence treponem neni mnoho znamo. Světlo do teto problematiky mohou vnest komparativni analýzy celogenomových sekvenci. Prvni celogenomova sekvence byla sestavena v roce 1998 (kmen Nichols), nasledovaly sekvence kmenů SS14 a Chicago. Nyni přinasime kompletni sekvenci kmene Mexico A. K sekvenaci genomu kmene Mexico A byla použita metoda Solexa (Illumina), ktera patři k sekvenacnim technikam nove generace. Celkem 13 oblasti (paralogni geny, repetitivni oblasti) bylo sekvenovano klasickou dideoxyterminatorovou metodou. Vsechny kontigy byly podle referencni sekvence kmene SS14 sestaveny do pilotni sekvence. Zůstaly mezery, pro ktere byly navrženy amplifikacni primery. Pomoci těchto primerů byly oblasti mezer amplifikovany a sekvenovany dideoxyterminatorovou metodou. Genom kmene Mexico A ma velikost 1 140 041 bp, jde o největsi genom mezi treponemalnimi kmeny. Bylo predikovano celkem 1034 ORF s průměrnou delkou 1032 bp. Genomova sekvence kmene Mexico A byla porovnana s genomovými sekvencemi kmenů Nichols a SS14. Oproti kmeni Nichols bylo identifikovano 365 substituci, z nichž 226 (61,9 %) měni aminokyselinovou sekvenci kodovaneho proteinu, a 39 změn typu inzerce/delece, z nichž 12 (30,8 %) způsobuje posun ctecicho ramce. Nukleotidova sekvence je změněna u 148 genů. Oproti kmeni SS14 bylo identifikovano 82 substituci, z nichž 61 (74,4 %) měni aminokyselinovou sekvenci kodovaneho proteinu, a 20 změn typu inzerce/delece, z nichž 9 (45,0 %) způsobuje posun cteciho ramce. Nukleotidova sekvence je změněna u 46 genů. Větsina velkých změn se nachazi v genech pro hypoteticke proteiny a v rodině genů kodujicich proteiny Tpr, ktere jsou potencialnimi faktory virulence. Pocty změn v ostatnich genech s předpovězenou funkci jsou minimalni. Delka a pořadi jednotlivých genů zůstava ve větsině připadů zachovana, protože změny maji nejcastěji charakter jednonukleotidových zaměn.