Diagnostic de la tuberculose extrapulmonaire : quelle place pour le GeneXpert ?

Introduction Le diagnostic de la tuberculose reste long et difficile, en particulier pour les formes extrapulmonaires (TEP). Le benefice de nouvelles techniques diagnostiques comme la biologie moleculaire est indiscutable mais les performances restent encore discutees. Materiels et methodes Analyse retrospective de tous les tests de biologie moleculaire PCR GeneXpert MTB/RIF (Cepheid) realises sur prelevement extrapulmonaire dans notre laboratoire L3 du 1 er janvier 2015 au 30 septembre 2016 comparativement a l’examen microscopique (EM) et a la culture (C). Le diagnostic de tuberculose est retenu en cas de culture positive a Mycobacterium tuberculosis ou histologie evocatrice avec evolution clinique favorable sous traitement. Resultats Pour cette periode de 21 mois, 70 patients ont eu une PCR pour suspicion de TEP : 18 etaient positives, 50 negatives et 2 ininterpretables. Le diagnostic de tuberculose etait retenu pour 32 patients avec respectivement 18 (56,2 %), 18 (56,2 %) et 5 (15,6 %) culture, PCR et EM positifs. Sur les 18 cultures positives, la PCR pratiquee sur l’echantillon etait positive pour 13 cas (72,2 %). A l’inverse, pour 7/32 patients, la PCR etait positive alors que la culture standard etait restee negative. Deux des 7 patients avec PCR+ et C negative (1 TB ganglionnaire et 1 TB osseuse) etaient deja sous traitement de la tuberculose au moment des prelevements microbiologiques, expliquant la negativation de la culture. Les performances globales de la PCR pour les 32 tuberculoses retenues etaient : Se 56,2 %, Sp 100 %, VPP 100 % et VPN 73 %. La sensibilite de la PCR s’elevait a 72,2 % en ne considerant que les diagnostics de TEP avec culture + (13/18). Sur 12 TB ganglionnaires non traitees (8 C+), on retrouvait une sensibilite pour l’EM, la PCR et la culture de 16,6 % (2 patients), 66,6 % (8) et 66,6 % (8) respectivement. Pour les 4 spondylodiscites avec C+, la PCR sur ponction osseuse ou abces froid adjacent etait systematiquement positive (100 %). Pour les 3 tuberculoses neuro-meningees avec culture positive, l’EM et la PCR etaient positifs pour respectivement 0 et 2 patients. Conclusion La PCR montre ici une sensibilite bien superieure a l’examen microscopique pour les TEP. Ce test de biologie moleculaire semble particulierement interessant pour le diagnostic des formes ganglionnaires avec une sensibilite equivalente a celle de la culture. Des effectifs plus importants seraient necessaires pour confirmer ces resultats et evaluer l’interet de la PCR dans les autres localisations EP.