Identificação de SNPs no gene DDEF1 bovino.

A raca Canchim foi criada objetivando a producao de carne de melhor qualidade nas condicoes brasileiras e, tem sido muito utilizada em cruzamentos. Padroes especificos de algumas caracteristicas da carcaca como, por exemplo, de espessura de gordura, contribuem para a manutencao da qualidade da carne. A raca Canchim produz carcacas com espessura de gordura inferior ao desejavel pelo mercado, necessitando assim de estudos que visem auxiliar o melhoramento dessa caracteristica. Os marcadores moleculares surgem nesse contexto como uma possibilidade de auxiliar o melhoramento tradicional. O BTA14 possui relatos de QTLs para espessura de gordura, motivando o estudo de genes candidatos a influenciar a deposicao de gordura nessa regiao do genoma dos bovinos. Um dos genes encontrados nessa regiao e que foi relacionado a adipogenese e o DDEF1. Este trabalho teve por objetivos a identificacao de polimorfismos em parte do dominio P H centaurina do gene DDEF1. Foram calculados os valorers geneticos de 113 touros, pais de uma populacao de meio-irmaos constituida de 1193 animais. Procedeu-se a escolhida de 6 touros com maior valor genetico e maior acuracia e 6 touros com menor valor genetico e maior acuracia. O DNA desses 12 touros foi utilizado em reacoes de sequenciamento do dominio P H centaurina do gene DDEF1, que foi dividido em 5 amplicons devido ao grande distanciamento dos exons codificadores desse dominio. No entanto, ate o momento apenas as analises de 3 desses amplicons foram finalizadas. Os sequenciamentos foram realizados em um sequenciador ABI Prism 3100 Avant (Applied Biosystems). Os eletroferogramas gerados pelo sequenciador foram submetidos ao programa de base calling Phred. Em seguida tais sequencias foram submetidas ao programa de montagem Phrap. A visualizacao das sequencias geradas foi realizada atraves do programa Consed, onde foi possivel a observacao dos SNPs. Esta metodologia permitiu identificacao de polimorfismos somente em individuos heterozigotos para o SNP. Para identificacao de polimorfismos entre individuos homozigotos submeteu-se as sequencias consenso ao programa CLUSTAL W. Foram identificados 10 polimorfismos no amplicon RP1, 8 no RP2 e 9 no RP3. As sequencias consenso obtidas foram comparadas as depositadas no banco de SNPs do NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/snp_blastByOrg.cgi). Tendo-se verificado que os polimorfismos identificados nesse trabalho nao estao depositados naquele banco de dados.