Structure and Dynamics of Intramembrane Protease Substrates by NMR Spectroscopy
2021
In dieser Arbeit wurden die Substrate zweier Intramembranproteasen untersucht. Beim
ersten Substrat handelte es sich um die Transmembrandomane des Amyloid Precursor Protein
(APP), ein Substrat der γ-Sekretase. Es ist im Zusammenhang mit Morbus Alzheimer
bekannt. Das zweite Substrat war die Transmembrandomane der Serin/Threonin-Protein
Phosphatase PGAM5, die von PARL prozessiert und mit Morbus Parkinson in Verbindung
gebracht wird.
Intramembranproteasen, die an einer Vielzahl biologischer Prozesse beteiligt sind,
schneiden ihre Substrate in der Ebene der Membran. Bisher wurden die Spaltungsprozesse
selbst noch nicht auf struktureller Ebene untersucht, aber man geht davon aus, dass die
Struktur und die Dynamik ihrer Substrate von entscheidender Bedeutung sind. Im Gegensatz
zu loslichen Proteasen wird in Intramembranproteasen keine Konsensussequenz
erkannt, trotzdem reagieren sie empfindlich auf Punktmutationen in der Substratsequenz.
APP, das erste untersuchte Substrat, wird von der γ-Sekretase zunachst an der e-
Schnittstelle geschnitten und dann in mehreren Schritten weiter verkurzt, bis ein kurzes
Fragment entsteht, das Aβ genannt wird. Dabei sind verschiedene Prozessierungswege
moglich, die zu unterschiedlichen Produkten fuhren. Die zwei Hauptprodukte sind
Aβ40 und Aβ42, wobei letzteres die im Zusammenhang mit Morbus Alzheimer bekannten
Amyloid-Plaques im Gehirn bildet. Bei den beiden in dieser Arbeit untersuchten FAD
Mutationen wurde festgestellt, dass der Anteil von Aβ42 im Vergleich zu Aβ40 zunimmt.
Da beide Mutationen bei Patienten mit erblichem Morbus Alzheimer gefunden wurden,
wird die Veranderung dieses Gleichgewichts als einer der Grunde fur die fruh einsetzende
und schnell zum Tod fuhrende Krankheit vermutet.
Mit hochaufgeloster Kernresonanzspektroskopie wurden der Wildtyp der APP Transmembrandomane
sowie vier Punktmutationen intensiv untersucht. Dabei handelte es sich
einerseits um die zwei FAD Mutanten nahe der e-Schnittstelle (V44M und I45T), andererseits
um zwei Mutationen am zentralen G37G38-Motiv. Eine Prolinmutante (G38P) wurde
eingefuhrt, um die Transmembrandomane an dieser Stelle zu destabilisieren. Zur Stabilisierung
wurde das gleiche Glycin gegen Leucin (G38L) ausgetauscht. Es wurden verschiedene
NMR Spektren aufgenommen, aus denen Strukturparameter abgeleitet werden konnten.
Zum einen waren dies sekundare chemische Verschiebungen, die die Sekundarstruktur
beschreiben. Zum anderen konnten dreidimensionale Strukturen auf Basis der NMR Daten
errechnet werden. Zusatzlich wurde der Wasserstoff-Deuterium Austausch gemessen, der
Ruckschlusse auf die Stabilitat von Wasserstoffbrucken zulasst.
Die Analysen wurden in TFE/H2O durchgefuhrt, da das aktive Zentrum des Enzyms mit
Wasser gefullt ist. TFE/H2O ist deshalb besonders gut geeignet, um die Bedingungen im
Inneren des Enzyms abzubilden. Die vier Mutanten unterscheiden sich in ihrer Struktur
kaum vom Wildtyp. An der e-Schnittstelle waren keine Unterschiede zu erkennen, die
die unterschiedliche Spaltung erklaren konnten. Auffallig war, dass es sich zwar in allen
Fallen um durchgehende α-Helices handelte, diese aber aus zwei Bereichen bestanden.
Dabei bildete das G37G38-Motiv eine Art Scharnier zwischen beiden Abschnitten, sodass
die Gesamtstruktur nicht gerade, sondern geknickt war. Der Winkel zwischen den beiden
Segmenten war dabei auf einen bestimmten Bereich beschrankt. Auch die relative
Orientierung, also die Richtung des Knicks, war eingeschrankt. Sowohl die Starke des
Knicks, als auch die Vorzugsrichtungen wurden von jeder Mutation anders beeinflusst.
Auf der Grundlage von MD-Simulationen von M. Hitzenberger wurde daraufhin postuliert,
dass das Substrat an diesem G37G38-Scharnier knicken muss, um das aktive Zentrum der
γ-Sekretase erreichen zu konnen. Hitzenberger hatte den initialen Komplex von Enzymen
und Substrat untersucht. Die NMR Strukturen des APP TMD Wildtyp passten gut zu
diesem Modell, wohingegen die Strukturen der Mutanten mit den TMDs der γ-Sekretase
kollidierten.
Fur PARL, eine Rhomboid Protease, wird angenommen, dass es Substrate ebenfalls
anhand ihrer Struktur und Dynamik erkennt, da hier ebenfalls keine Konsensussequenz
erkannt wird. Die Transmembrandomane des PARL Substrats PGAM5 WT und vier Punktmutationen
wurden ebenfalls mittels NMR untersucht. Im Falle von PGAM5 wurden drei
Reste mutiert, die zwischen verschiedenen Organismen konserviert sind, da angenommen
wurde, dass diese eine essentielle Funktion erfullen. Alle drei Aminosauren wurden gegen
Leucin ausgetauscht (C12L, G17L, G18L). Als vierte Mutation wurde eine Serin-Mutante
untersucht (C12S).
Auch hier wurden verschiedene sekundare chemische Verschiebungen ermittelt und
die dreidimensionalen Strukturen berechnet. Zusatzlich wurde ebenfalls der Wasserstoff-
Deuterium Austausch gemessen. Dabei zeigte sich, dass die TMD von PGAM5 genauso
wie die von APP aus zwei helikalen Bereichen bestand. Bei PGAM5 waren diese allerdings
durch einen unstrukturierten Bereich verbunden. Deshalb ergab sich aus dem Vergleich der
funf Peptide, anders als bei APP, keine klar definierte Vorzugsrichtung. Allerdings waren
Praferenzen zu erkennen. Mittels Rontgenstrukturanalyse war fur ein anderes Rhomboid,
GlpG gezeigt worden, dass der Bereich um die Schnittstelle hoch dynamisch sein muss,
sobald er die Membran verlasst. Das in der Literatur postulierte Modell geht davon aus,
dass sich der entsprechende Bereich der Helix vollstandig entwinden muss, bevor er ins
aktive Zentrum gelangen kann. Die berechneten Strukturen von PGAM5 lassen vermuten,
dass in diesem Falle ein ahnlicher Mechanismus zugrunde liegt.
Zusammenfassend lasst sich sagen, dass die Transmembrandomanen sowohl von APP als
Substrat der γ-Sekretase als auch von PGAM5 aus zwei Segmenten bestanden. Im Falle von
APP TMD war deren relative Anordnung vergleichsweise stark eingeschrankt, wahrend
sich fur PGAM5 hingegen keine klare Praferenz ergab. Basierend auf diesen Ergebnissen
konnte anhand der NMR Daten eine Hypothese fur Substrate der γ-Sekretase formuliert
werden: Nur die Struktur des kann in die von der MD Simulation vorgegebene Richtung
abknicken, wohingegen die Strukturen der vier Mutanten gedreht werden mussen, um
mit dem Enzym interagieren zu konnen. Diese Drehung konnte dann dazu fuhren, dass
das Substrat anders prozessiert wird.
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