IDENTIFIKACE CIRKULUJÍCÍCH MIKRORNA S DIAGNOSTICKÝM APROGNOSTICKÝM POTENCIÁLEM U PACIENTŮ S KOLOREKTÁLNÍMKARCINOMEM S VYUŽITÍM SEKVENOVÁNÍ NOVÉ GENERACE

Východiska: Kolorektalni karcinom (CRC) patři mezi nejcastějsi nadorova onemocněni v Ceske republice a je druhou nejcastějsi přicinou nadorových umrti. Hlavnim důvodem vysoke mortality je neexistence vhodných markerů pro casnou diagnostiku. Jednim z modernich přistupů molekularni charakterizace nadorů je analýza mikroRNA (miRNA). MiRNA jsou kratke nekodujici RNA regulujici post transkripcně genovou expresi. Mnohe studie prokazaly jejich deregulovane hladiny nejen v nadorove tkani, ale tež v tělnich tekutinach, což poukazuje na jejich možne využiti pro casnou diagnostiku ci urceni prognozy a lecebne odpovědi pacientů s CRC. Soubor pacientů a metody: Exprese miRNA v krevnim seru 96 zdravých darců, 144 pacientů s CRC a 36 pacientů s polypy/adenomy byla analyzovana pomoci sekvenovani nove generace (NGS, MiSeq, Illumina). Ze vzorků byla izolovana celkova RNA obohacena o frakci kratkých RNA (miRNeasy Serum/Plasma kit, Qiagen), byla změřena koncentrace a cistota (NanoDrop ND-1000) a rovněž kvalita (Agilent Bioanalyzer 2100) ziskane RNA, ktera byla využita pro připravu cDNA knihovny (TruSeq Small RNA Sample Prep Kit, Illumina), jež byla nasledně podrobena hlubokemu sekvenovani. Data byla analyzovana pomoci standardnich i vicedimenzionalnich biostatistických metod. Vybrane miRNA byly dale validovany na nezavislem souboru 283 pacientů a 180 zdravých darců pomoci RT-qPCR (QuantStudio, Applied Biosystems). Výsledky: Bylo identifikovano 54 miRNA s deregulovanou expresi v krevnim seru pacientů s CRC. Zaroveň bylo nalezeno 26 miRNA se signifikantně změněnými hladinami u pacientů s polypy ci adenomy. Validacni faze potvrdila významně zvýsene hladiny miR 376c-3p, miR-27a-3p, miR-21-5p, miR-142-5p a miR 23a 3p v krevnim seru pacientů s CRC v porovnani se zdravými darci. Nasledně byl sestaven diagnostický panel miRNA (miR-23a-3p, miR 27a-3p, miR 142-5p, miR-376c-3p), na zakladě jehož exprese bylo možne odlisit CRC pacienty od zdravých darců se senzitivitou 89 % a specificitou 81 % (AUC = 0,922). Zaroveň byl sestaven prognostický panel miRNA (miR-23a-3p, miR-376c-3p) s jehož využitim bylo možne stanovit prognozu pacientů nezavisle na klinickem stadiu onemocněni (HR 2,3; 95% CI 1,44-3,66; P < 0,0004). Zavěr: Expresni profilovani cirkulujicich miRNA patři mezi moderni přistupy identifikace biomarkerů pro casnou diagnostiku nadorových onemocněni a urceni prognozy ci lecebne odpovědi pacientů. Sekvenovani nove generace umožňuje nejen analýzu deregulovaných miRNA, ale tež identifikaci nových miRNA a jejich izoforem.