QTL analysis in cocoa progenies located in Côte d'Ivoire for some traits of interest using SSR markers

Le cacaoyer (Theobroma cacao L.) est une culture perenne pour laquelle la selection des caracteres interessants exige plusieurs decennies de travail de selection traditionnelle. Dans ce vegetal, les marqueurs moleculaires pourraient accelerer l'amelioration des caracteres interessants par une selection assistee par marqueurs. Dans ce but, une detection de QTL a ete effectuee sur 3 descendances hybrides derivees des croisements suivants : (P7 x ICS100) x C1, (P7 x ICS95) x C1 et (SCA6 x H) x C1, mis en place en 1997 et 1996, respectivement, a la station de recherche du CNRA a Bingerville-Cote d'Ivoire. P7 et SCA6 sont des clones resistants de Forastero Upper Amazon tandis que C1, le parent mâle commun, est un clone sensible Forastero Lower Amazon, de type Amelonado. ICS100 et ICS95 sont deux clones Trinitario moderement sensibles ; H est un Trinitario. Les descendances comprenaient respectivement 173, 183 et 179 individus. Les plants ont ete suivis individuellement pendant trois periodes de recolte (2003 a 2006) par rapport au rendement, a la pourriture brune des cabosses de Phytophthora (PPR) dans des conditions naturelles d'infection et au poids des cabosses. De plus, pour les deux premieres descendances, les caracteristiques suivantes ont ete mesurees : feves fraiches et seches, poids de la cabosse vide, epaisseur de la paroi de la cabosse, nombre de feves par cabosse, poids des feves normales par cabosse, poids de 100 feves seches, caracteristiques liees a la vigueur du plant -circonference du tronc, hauteur de la jorquette, taille de la canopee, nombre de branches) et resistance a Phytophthora evaluee par essai sur disques de feuilles. On a egalement procede a un genotypage des plants avec 3 ensembles differents de marqueurs SSR. Des QTL lies a la resistance a Phytophthora, au rendement, aux caracteristiques de la cabosse et des feves, au nombre de feves et a d'autres caracteres ont ete detectes. Certains d'entre eux etaient communs aux trois descendances ; certains autres etaient specifiques a chaque descendance. Par ailleurs, certains de ces QTL pour des caracteres particuliers comme la resistance a Phytophthora, le rendement et les composantes du rendement, etaient situes dans les memes regions chromosomiques que ceux qui avaient ete identifies dans les travaux precedents. Nos resultats mettent l'accent sur la relation entre la resistance a Phytophthora obtenue par des methodes d'inoculation artificielle et des infections naturelles. En effet, un QTL commun a ete identifie pour les deux methodes d'evaluation de la resistance dans 2 ensembles d'individus de la meme descendance (SCA6 x H) x C1) analyses independamment a 2 periodes differentes. En outre, nos resultats ouvrent la voie a l'application pratique de la selection assistee par marqueurs (SAM) ou par selection recurrente assistee par marqueurs (SRAM) en Cote d'Ivoire. (Resume d'auteur)