Prédiction de la valeur génétique clonale chez le palmier à huile à partir de données génomiques haute densité et du modèle linéaire mixte

La prediction de la valeur genetique clonale est l'une des limites actuelles a l'amelioration genetique du rendement chez palmier a huile. Elle se base uniquement sur la valeur propre des candidats tetes de clones, souvent peu precise compte tenu de la faible heritabilite de certaines composantes du rendement. La presente etude a evalue la possibilite de predire la valeur genetique des hybrides tetes de clones avec des donnees genomiques haute densite. Le genotypage par sequencage a revele 15055 marqueurs de type polymorphisme a un nucleotide (SNP). Les precisions de deux approches de selection genomique (SG) ont ete evaluees sur huit composantes du rendement. La population de calibration etait de 295 et 279 croisements DELI x LM pour les composantes de production et de qualite des regimes, respectivement, et la population de validation comportait 42 clones DELI x LM. L'effet de la densite de marquage et de la modelisation de l'origine parentale des alleles ont ete evalues sur la precision. Le test de Hottelling-Williams a permis d'effectuer des comparaisons de precisions entre methodes de prediction. Les resultats ont montre une gamme de precisions allant de 0,65 a -0,11 en fonction du caractere et de la densite de marquage. Pour la plupart des caracteres, la precision a augmente avec le nombre de SNPs, jusqu'a atteindre un plateau a environ 7000 SNPs. La precision de SG etait en general superieure a la precision du modele temoin utilisant le pedigree au lieu des SNPs, montrant la capacite des donnees genomiques a predire les valeurs genetiques d'individus non observes au champ. La SG peut etre appliquee pour preselectionner des candidats tetes clones avant evaluation en champ, permettant d'augmenter l'intensite de selection et donc le progres genetique.