Avances metodológicos en la simulación de procesos enzimáticos con métodos híbridos qm/mm. Aplicación a la chalcona isomerasa y 4-oxalocrotonato tautomerasa

Esta tesis expone el trabajo que he realizado durante el periodo de formacion como estudiante pre-doctoral, con el objetivo de obtener el grado de doctor. Consta de dos secciones claramente diferenciadas. Una primera parte metodologica, en la que se han desarrollado aspectos de mejora y avance, y en el que se incluye una recopilacion de los diferentes metodos que se emplean hoy dia en la especialidad de quimica teorica y computacional, tratando de mostrar los principales problemas y soluciones que aparecen cuando se desea lograr una descripcion, cada vez mas exacta, de sistemas quimicos que, a su vez, son cada vez mas complejos. Y otra parte de aplicacion, en la que se han llevado a cabo sendos estudios sobre diferentes sistemas enzimaticos, en particular la Chalcona Isomerasa (CHI) y la 4-Oxalocrotonato Tautomerasa (4-OT), a los que se les han aplicado las diferentes mejores metodologicas expuestas en la primera parte. En el primer capitulo se presenta una breve introduccion a la Quimica Teorica y Computacional desde el nacimiento de la disciplina, analizando su evolucion cientifica hasta el momento actual, en el que es capaz de estudiar sistemas modelo cada vez mas cercanos a los encontrados en la naturaleza. En el segundo capitulo se lleva a cabo una exposicion de los fundamentos conceptuales de la Quimica Teorica. No es posible abarcar los pormenores de todos los metodos que se emplean, pero si se tratara de mostrar los fundamentos de los utilizados en esta Tesis Doctoral. En este segundo capitulo dedicamos una primera parte a describir los metodos empleados en Quimica Cuantica, otra parte a describir los metodos de la Mecanica Molecular y una ultima parte, mas extensa, a los metodos hibridos, que combinan la Mecanica Molecular, haciendo especial hincapie en sus virtudes y limitaciones, ya que este es el campo de actuacion de esta tesis. En el tercer capitulo se especifican los objetivos que se plantean en la