COL1-05 Performances du génotypage de V3 env pour la détermination en routine du tropisme du HIV-1

L’utilisation des antiretroviraux antagonistes de CCR5 necessite la determination prealable et le suivi de l’utilisation des corecepteurs d’entree du HIV-1. Le sequencage direct de la region V3 env pourrait offrir une alternative simple aux techniques phenotypiques complexes actuellement utilisees pour determiner le tropisme du HIV-1. L’utilisation des corecepteurs d’entree a ete determinee en parallele par sequencage direct de V3 et par un test phenotypique chez 103 patients candidats a un traitement par antagoniste de CCR5. Les donnees genotypiques et phenotypiques ont ete obtenues chez 98 des patients testes. Les performances de differents outils genotypiques pour la detection des virus utilisant le corecepteur CXCR4 ont ete comparees au test de reference phenotypique. La regle basee sur les mutations aux positions 11 et 25 de la region V3 avait une sensibilite de 65 % et une specificite de 94 % pour la detection des virus utilisant CXCR4. Les outils bioinformatiques WebPSSM et Geno2Pheno avaient respectivement une sensibilite de 69 % et 88 % et une specificite de 97 % et 87 % pour la detection des virus utilisant CXCR4. Nous proposons un nouvel algorithme pour predire l’utilisation des corecepteurs d’entree, base sur la combinaison de la regle 11/25 avec la charge electrostatique nette de la boucle V3. Cet algorithme simple a permis d’obtenir des performances similaires aux approches bioinformatiques avec une sensibilite de 77 % et une specificite de 96 % pour la detection des virus utilisant CXCR4. La concordance globale obtenue entre cette approche genotypique et le test phenotypique a ete de 91 %.