تعیین توالی نوکلئوتیدی ژن F سویه واکسینالClone IR ویروس نیوکاسل موسسه رازی

ویروس نیوکاسل یکی از مهم‌ترین ویروس‌های صنعت طیور می‌باشد. این ویروس با توجه به حدت سویه‌های مختلف، علائم کلینیکی و تلفات متفاوتی دارد. پروتئین فیوژن یکی از پروتئین‌های مهم این ویروس، نقش مهمی در تعیین حدت ویروس دارد. در این مطالعه توالی ژنومی این پروتئین تعیین توالی گردیده است. بدین منظور واکسن کلون IR .12، که از سویه ویروس لاسوتا به روش پلاک اسی در موسسه رازی تهیه شده بود، انتخاب گردید. ابتدا ویروس با رقت مناسب به حفره آلانتوئیک تخم مرغ SPF دارای جنین ده روزه تزریق شد. و پس از طی زمان مناسب برای رشد ویروس، مایع آلانتوئیک آن جمع‌آوری شد. ویروس با استفاده ازسانتریفوژ دور بالاو گرادیانت ساکارز به صورت مناسب تخلیص شد. RNA ویروس استخراج، و قطعه cDNA از روی ژنوم ساخته شد. پرایمرهای مناسب طراحی شد و  PCR انجام گرفت. محصول PCR استخراج گردید. محصول استخراج در پلاسمید مناسب کلون شد. محصول کلون شده به باکتری ترانسفورم شد. باکتری حاوی پلاسمید در دمای مناسب تکثیر پیدا کرد.پلاسمید به روش Sambrook استخراج گردید. برای اطمینان از کلونینگ موفق آنزیم برشی BglII استفاده شد. پس از این مرحله پلاسمید برای تعیین توالی به روش سنگر آماده شد. نتایج با استفاده از نرم‌افزار مگا 5 توالی ژنومی تحلیل و همردیف سازی انجام گرفت  شد.در نتیجه این مطالعه توالی ژن Fبه صورت کامل تعیین توالی، و با سویه های لنتوژنیک موجود در بانک ژن مقایسه و بررسی شد. در نتیجه آن توالی ژنومی در این مطالعه با برخی توالی‌های بانک ژن به طور کامل همردیف هستند و با برخی توالی‌های دیگر در برخی نوکلئوتید‌ها متفاوت می‌باشد.