Ion Torrent PGM^TM平台在儿童遗传性疾病诊断中应用初探

目的在PCR产物定量混合构建文库方法的基础上，探讨Ion Torrent PGM^TM平台二代测序应用于儿科常见遗传性疾病诊断的价值。方法采集临床诊断的2例肌营养不良、1例胆汁酸合成障碍和1例甲基丙二酸血症患儿的外周血，提取基因组DNA，分别针对DMD基因、HSD387基因、AMACR基因及MUT基因采用PCR反应进行编码区扩增，扩增产物定量混合制备成文库，在PGM上完成测序。使用NextGENe软件进行数据分析。同时采用Sanger测序方法，对上述基因进行全基因测序；肌营养不良病例采用多重连接探针扩增（MLPA）进行基因外显子拷贝数变异的检测。结果例1肌营养不良患儿DMD基因检测到6个变异，其中c．998C〉A，P．333S〉X为已知致病突变位点，4个为SNP（rs228406、rsl801187、rsl801188、rsl800280）。PGM检测到1个假阳性，为6个连续的T后面插入了1个T。例2肌营养不良患儿检测到DMD基因g．2788933943-2790543577共5个外显子的缺失，MLPA检测结果与二代测序结果相符合。例3胆汁酸合成障碍患儿HSD387基因和AMACR基因共检测到7个变异，其中HSD387基因复合杂合突变c．45-46delAG，FS；c．262G〉G／C，P．88G〉RG，5个为SNP（rs9938550、rs3195676、rsl0941112、rs2278008、rs2287939）。例4甲基丙二酸血症患儿MUT基因检测到3个变异，1个为已知致病突变位点杂合突变c．728-729het-ins．TT，FS；2个为SNP（rs2229384、rs8589）。PGM检测到2个假阳性。结论基于PGM^TM平台、采用PCR产物定量混合构建文库测序的方法，具有低成本、高通量、高灵敏度以及可灵活设计的特点，适合用于儿科临床常见遗传性疾病的检测。但由于二代测序技术可能带来的假阳性，对于检测到的变异需要Sanger直接测序法进一步验证。