Comparaison des cibles d’une matrice de score et d’une expression régulière. Application à la recherche de sites de fixation du facteur de transcription LXR

En bio-informatique, il est habituel de rechercher de nouvelles instances d'un modele construit a partir d'un ensemble de sequences de reference. Dans la majorite des cas, les plus simples, ces modeles sont representes soit par des expressions regulieres, soit par les matrices de score. Dans le cas des expressions regulieres, le resultat d'une analyse est binaire (acceptation ou rejet). Dans le cas des matrices de score, un score indique la qualite du resultat. Si, en pratique, ces deux representations semblent pouvoir etre utilisees indifferemment , on peut se demander si elles ont un impact sur le resultat. Y'a-t-il une meilleure representation ? Comment fixer le seuil d'acceptabilite d'une matrice de score ? Autoriser des mutations sur une expression reguliere est-il comparable a faire varier le seuil d'acceptation d'une matrice? Ce sont des questions evoquees dans ce papier, au travers du cas d'application du site de fixation de LXR. Cette etude compare les occurrences obtenues avec une matrice de score et avec une expression reguliere autorisant jusqu'a deux substitutions. Elle montre que, dans notre etude LXR, les sequences obtenues avec une matrice de score sont plus proches des references que les sequences obtenues par l'expression reguliere.