Reconstruction de réseaux à partir de données génomiques et cliniques

Cette these consiste au developpement d?une nouvelle approche methodologique pour reconstruire les reseaux a partir de donnees biologiques et cliniques qui surmonte certains problemes techniques et informatiques des methodes existantes pour accomplir cette tâche. Notre algorithme (MIIC), permet l'etude d'ensembles de donnees discretes, continues et mixtes avec tout type de distributions de probabilite et de densite, y compris la presence possible de variables latentes, qui sont tres importantes dans des contextes reels ou il n'est pas toujours possible de collecter toutes les variables pertinentes. MIIC est disponible par le biais d'une interface Web a l'adresse suivante: https://miic.curie.fr, et sous la forme d'un paquet R disponible sur CRAN. La deuxieme partie de la these est consacree a l'analyse d'applications reelles: de la reconstruction d'un reseau de regulation genetique et une carte de contact des proteines, a l'etude des dossiers cliniques de patients atteints de troubles cognitifs ou de cancer du sein. MIIC peut aider les medecins a visualiser et a analyser les effets directs, indirects et eventuellement causaux des dossiers medicaux des patients, a decouvrir de nouvelles interdependances directes inattendues entre des informations cliniquement pertinentes ou a expliquer une connexion manquante par d'autres liens trouves dans la reconstruction.