Diversité du microbiote digestif humain par culturomics et pyroséquençage

Les relations entre le microbiote intestinal et la sante humaine ont ete suggerees par les etudes metagenomiques. Microbial culturomics utilise de nombreuses conditions de culture avec une methode d'identification rapide par MALDI-TOF, ou par sequencage de l'ARN 16S pour les colonies non identifiees. L'etude pionniere a permis d'identifier 340 bacteries differentes, dont 31 nouvelles especes bacteriennes et 174 especes bacteriennes decrite pour la premiere de l'intestin humain. Le sequencage du genome de chaque nouvelle espece a permis de decrire le plus grand genome d'une bacterie isolee chez l'homme (Microvirga massiliensis, 9,3 Mo) et de generer environ 10 000 genes precedemment inconnus (ORFans) facilitant les futures etudes metagenomiques. Le pyrosequencage sur les memes echantillons a revele que seulement 51 especes etaient detectees par les 2 techniques. Culturomics a demontre sa superiorite par rapport au pyrosequencage lors de l'etude d'une selle d'une patiente traitee pour une tuberculose ultra-resistante. Le pyrosequencage de 2 echantillons de selles de patients traites par antibiotiques a revele 45 a 80% de sequences assignees au phylum des Verrucomicrobia. L'etude par culture de ces memes echantillons n'a pas permis d'isoler cette espece.Grâce a l'etude de 14 echantillons de selles differents par culturomics, nous avons cultive 520 especes bacteriennes differentes, dont 57 nouvelles especes bacteriennes et 260 especes decrites pour la premiere fois a partir du microbiote digestif. Apres cette phase de description, les etudes suivantes pourront tenter d'etablir un lien entre les nouvelles especes bacteriennes et le statut clinique des patients etudies.