Bioinformatica ten behoeve van genomics

Sinds enkele jaren wordt op het RIVM genomicsonderzoek uitgevoerd. Genomics omvat grootschalig onderzoek naar het erfelijk materiaal (DNA) van organismen. Dit onderzoek levert inzicht op in de manier waarop erfelijke eigenschappen zich vertalen naar het functioneren van een cel, en uiteindelijk een heel organisme. De praktische uitvoering van genomicsexperimenten is recentelijk beschreven in rapport 340200001 "Genomics: Implementatie, toepassing en toekomst", dat in december 2006 is verschenen. Dit rapport gaat in op de bioinformatica die het RIVM heeft opgezet en ontwikkeld. Bioinformatica is de wetenschap die methoden uit de informatica gebruikt om biologische data te kunnen verwerken en analyseren. Deze specifieke kennis is nodig om de grote hoeveelheden data die genomicsexperimenten genereren, te kunnen analyseren. De verschillende stappen in de data-analyse, zoals beeldverwerking, kwaliteitscontrole, normalisatie, statistische analyse, patroonherkenning, verlopen succesvol volgens algemeen geaccepteerde methoden. De bioinformatica voor de verdere biologische interpretatie van de resultaten is wereldwijd nog volop in ontwikkeling. In samenwerking met andere instituten wordt dit onderzoeksgebied gevolgd en worden nieuwe ontwikkelingen toegepast. De komende jaren zullen er via de literatuur meer data van genomicsexperimenten beschikbaar komen. Om die te kunnen vergelijken en te combineren zijn bioinformatica-methoden beschikbaar, die zich de komende jaren verder zullen ontwikkelen. Naast genomicsdata zullen ook steeds meer andere gegevens (bijvoorbeeld eiwit- en metabolietgegevens) beschikbaar komen. Dit biedt mogelijkheden om meerdere soorten data te integreren. Deze aanpak wordt "systems biology" genoemd en is vooral interessant om tot een betere risicoschatting van stoffen te komen. Ook bestaat behoefte aan bioinformatica voor grootschalig eiwitonderzoek (proteomics), dat het RIVM wil gebruiken voor bevolkingsonderzoeken en screeningsprogramma's van micro-organismen.