South Green, une plateforme de bioinformatique tournée vers l'agriculture dans les pays du sud

South Green (www.southgreen.fr) est une plateforme de bio-informatique dediee `a la genetique et la genomique des plantes tropicales et mediterraneennes d'interet agronomique et de leurs pathogenes. Elle federe un reseau de bio informaticiens appartenant a differentes unites et instituts de Montpellier (Bioversity International, CIRAD, INRA et IRD) soit environ une vingtaine de personnes en interaction avec les equipes de recherches, avec une expertise multidisciplinaire allant de l'integration de donnees et de connaissance au developpement de logiciels en bio-informatique, a l'analyse de donnees de sequencage (detection de polymorphismes et variants structuraux, pangenomique, metagenomique, analyse differentielle de donnees RNAseq) et le calcul haute performance. Le plateforme South Green a pour objectifs de : Promouvoir des outils originaux issus de la recherche methodologique. Promouvoir l'interoperabilite des applications developpees au sein du reseau. Centraliser l'ensemble des logiciels et systemes d'information developpees au sein d'un portail Web unique (http://www.southgreen.fr) Promouvoir les echanges et les developpements collaboratifs Proposer des formations en bio-informatique, bio analyse de donnees et `a l'utilisation de clusters de calcul Promouvoir la demarche qualite au sein du reseau. Proposer un support pour le calcul a haute performance La plateforme assure le developpement de systemes d'informations et d'outils innovants, necessaires aux projets scientifiques, realises au sein de la plateforme et en lien avec l'analyse des donnees produites par les technologies de sequencage a haut debit (annotation des genomes et de transcriptomes, phylogenie, genotypage) tels que GreenPhylDB, SNiPlay, Gigwa ou AgroLD. Elle propose egalement des pipelines d'analyses de donnees de sequencage au travers de deux gestionnaires de workflows : Galaxy et TOGGLe. Enfin, impliquee dans plusieurs projets de sequencage international, elle possede une forte expertise en developpement de ”genome hub” qu'elle a deploye sur de nombreuses plantes (bananier, cafeier, manioc, cacaoyer) au niveau duquel sont disponibles de nombreuses applications utiles pour l'etude de ces genomes. La plateforme assure aussi des formations specialisees en bio-informatique au niveau national et international (analyse des donnees de sequencage haut debit, Galaxy) et informatique (logiciel R, Perl, Linux). Les ressources sont disponibles sur le site https://southgreenplatform.github.io/trainings/. South Green s'inscrit dans le reseau des plateformes de l'Institut Francais de Bio-informatique (IFB) et fait partie du reseau Renabi (Reseau national des plates-formes bio-informatiques).